Триста раз драфт задания "предсказание судьбы по вашему геному"
Дано: Набор контигов предположительно человека в виде fasta-файла. И какая-нибудь база данных association study. Варианты:
Задача: Сделать сайтик, который бы получал на вход fasta-файл с кучей контигов (как с выхода Illumina), а на выход давал бы табличку с предрасположенностью данного товарища к разным болячкам.
Непричесанные мысли:
- если нормальных assembly получить не удается, можно просто выравнять контиги с последовательностями полных геномов, поискать предсказанные гены, поискать
какой аллель, подать на association study
если нет данных по аллелю, можно сделать что-то наподобие работы Шамиля Суняева по мышечным белкам (искать в PubMed по "prediction"), где он по последовательности мутантного белка предсказывал степень потери им функции - этим сейчас пользуются американские медики - там есть несколько не очень мудреных правил предсказания; дальше посмотреть, к чему вообще ведет потеря функции данного белка
- Спросить Леву с Денисом, надо спросить, куда они сабмиттят свои результаты помимо статей