Источник: миникурс Введение в кристаллографию белка (теория и практические занятия)
Проф. С.В. Стрелков, Университет г. Лёвена, Бельгия
Ф-т биоинженерии и биоинформатики МГУ, 21-26 нояб. 2011
Аннотация
Здесь приведена инструкция по получению модели белка в формате PDB из данных рентгеноструктурного эксперимента (файла структурных факторов) методом молекулярного замещения.
Примером служат структурные факторы основного домена интегразы вируса иммунодефицита человека (ВИЧ)(core domain of HIV integrase) в комплексе с ингибитором. Искомую структуру называю "образец". Кроме лигандов, в образце присутствуют модифицированные цистеины 65 и 130.
Для решения фазовой проблемы используется модель интегразы вируса иммунодефицита обезьян, PDB код 1C6V (называю ее прототипом).
Описывается простейший вариант получения структуры белка без ингибитора.
Необходимые программы
- CCP4 - свободно распространяемая программа для РСА
- Cool - свободно распространяемая программа для визуализации и манипуляций в процессе построения модели образца
Обе программы поддерживаются и под Linux, и под Windows.
Исходные данные
- Файл структурных факторов в формате mtz (hiv.mtz).
- Модель прототипа (1C6V.pdb)
Последовательность действий
- Модель прототипа расположить в кристаллографической (или асимметрической?) ячейке образца так, чтобы минимизировать R-фактор сравнения F(образца) с F(прототипа в ячейке образца).
Программа CCP4, Moleculare Replacement, Mol Rep auto
- Оптимизировать модель прототипа в ячейке образца для уменьшения R-фактора и свободного R-фактора
Программа CCP4, Moleculare Replacement, Refinement, Run Refmac
- Мутировать модель прототипа для получения модели с аминокислотными остатками образца
Программа Cool с использованием карт электронных плотностей (ЭП) предыдущего этапа
- Оптимизировать модель образца для получения приемлемых значений R-фактора и свободного R-фактора
Программа CCP4, Moleculare Replacement, Refinement, Run Refmac
Инструкции
В процессе ...