Задания к лекции 1
Пожалуйста, ответы присылайте в виде осмысленного текста!
Приемлемо: "1. В геноме бактерии X обнаружена вставка примерно в 110000 п.н. по сравнению с геномом Y. Вставка произошла примерно за 935000-м нуклеотидом."
Неприемлемо: "1. Вставка"
Выполнение любого одного из трех заданий приветствуется и засчитывается как зачет по теме "Карта сходства".
Пока не сделана google-форма, можете присылать ответ мне (aba@belozersky.msu.ru). ААл
1. Постройте карту сходства хромосом геномов бактерий Brucella suis (идентификатор записи CP000911, хромосома I) и Brucella ovis (идентификатор записи CP000708, хромосома I). Опишите крупные делеции – потери участка ДНК или вставки в геноме Brucella suis по сравнению с геномом Brucella ovis: размер делеции или вставки в п.н., координаты в геноме.
Уточнение: достаточно указать примерный размер самой большой вставки или делеции и примерные ее координаты, пользуясь картой и масштабом на ее осях!
Можно взять другие последовательности: Brucella suis, хромосома II (идентификатор записи CP000912), Brucella canis, хромосома II (идентификатор записи CP003175).
Указания.
Используйте сервис blast2seq – "Выравнивание двух или более последовательностей" – на сайте NCBI
- В каждое из двух окон положите идентификатор соответствующей последовательности
- Нажмите кнопку BLAST; подождите
- На странице с результатом откройте окно "Dot matrix view". Сохраните изображение карты сходства.
- Опишите результат, используя также информацию из выравнивания фрагментов, соответствующих диагоналям (на странице ниже Dot matrix). В этих выравниваниях слева и справа от букв — порядковые номера первой и последней буквы строки в геноме. Query – та последовательность, которая была указана при запуске в верхнем окне; Subject – в нижнем.
2. На основании карты сходства геномов двух видов болезнетворных бактерий – бруцелл (слайд 44 презентации) опишите, чем отличаются их последовательности. (У бруцелл по две хромосомы, хр. I и хр. II. Карта построена для хромосом II)
Указания.
- Прочитайте, что написано в презентации по поводу карт сравнения.
- Программа blast2seq поступает так.
- Рисует звездочки (как на слайде 43) и по ним проводит диагонали снизу вверх (такие /)
- Рисует крестики (как на слайде 45) и по ним проводит диагонали сверху вниз (такие \)
- И те, и другие рисуются на карте
3. На основании карты локального сходства геномов M.capricolum и M.mycoides (слайд 46 презентации) опишите крупные перестройки в ДНК M.capricolum по сравнению с M.mycoides. Достаточно описать произошедшее с участками сходства, обведенными красными овалами.