Вопросы к зачёту по межфакультетскому курсу "Биоинформатика", осень 2014
Вопросы по теме "Эволюция. Белки. Выравнивание последовательностей."
- Что такое мутация? Какие бывают мутации?
- Как мутация ДНК может повлиять на белки, синтезируемые в данном организме (какие есть варианты)?
- Как происходит закрепление мутации?
- Что такое положительный отбор и отрицательный отбор?
- Что такое выравнивание биологических последовательностей?
- Как принято считать вес глобального и локального выравнивания?
- Программа BLAST: что у неё на входе и какого рода информацию содержит её выдача?
Вопросы по теме "Секвенирование нового поколения и сборка геномов"
- Приборы для секвенирования: с каким материалом работают и какие данные получаются в результате работы.
- Задача картирования на известный геном: когда возникает, какие основные проблемы встают.
Задача сборки de novo: когда возникает, какие основные проблемы встают, на каких принципах основаны алгоритмы.
- Результат работы программы сборки и показатели её качества.
Вопросы по теме ''Биоинформатика и разработка лекарств''
- Основные методы, используемые при компьютерной разработке лекарств.
- Молекулярный докинг. Виртуальный скрининг библиотек химических соединений.
- Библиотеки химических соединений. Фильтрование соединений по свойствам. «Правило пяти» Лепински.
Методы конструирования лигандов de novo.
- Построение модели фармакофора. Использование моделей фармакофора для конструирования лекарств.
Вопросы по темам "Сравнительная геномика" и "Эпигеномика"
- Какие из перечисленных методов позволяют идентифицировать сайты связывания факторов транскрипции?
- ChIP-Seq
- филогенетический футпринтинг
- HiC
- филетические паттерны
- доступность для DNAse I
- совпадающих филетических паттернов можно ожидать от
- генов, кодирующих субъединицы гетеродимеров
- генов, кодирующих изоферменты
- генов, кодирующих ферменты синтеза и транспортеры одного вещества
- генов ферментов, катализирующих последовательные реакции
- Распределение степеней вершин в биологических сетях часто:
- пуассоновское
- пуассоновское на начальном интервале
- Степенное
- Имеет степенной интервал
- Экспоненциальное
- Имеет экспоненциальный хвост
- При помощи метода ChIP-Seq можно определить:
- промоторы
- модификации гистонов
- уровни экспрессии генов
- участки связывания факторов транскрипции
- пространственную структуру хроматина
- участки посадки нуклеосом
- уровни метилирования