Задания по визуализации структур макромолекул (дополнительные)
Все задания выполняются с помощью Jmol.
В записи PDB с кодом 1CRN описана структура белка крамбина. Ваша задача – получить и сохранить в виде файлов изображение молекулы в трёх видах: в виде шариковой модели, в виде проволочной модели и в виде остовной модели.
В записи PDB с кодом 4JXX описана структура комплекса молекулы тРНК с молекулой белка аминоацил-тРНК-синтетаза (если не знаете, что это такое, почитайте, например, здесь) и молекулой АТФ. Ваша задача:
Получить и сохранить в виде файла изображение комплекса, в котором белок был бы в остовной модели и одним цветом, а РНК и АТФ – в проволочной и двумя другими цветами.
- Найти остатки белка, у которых хотя бы один атом находится ближе 4Å от РНК. То же, для АТФ вместо РНК. Помимо списка остатков прислать описание наиболее экономного (по возможности) способа получить такой список. Для какого-нибудь остатка, контактирующего с АТФ боковой цепью, сохранить картинку, на которой видны молекула АТФ и этот остаток (и более ничего!).
Получить изображение (или несколько изображений) структуры, которую вы описывали при выполнении заданий предыдущего практикума, по возможности наглядно иллюстрирующее какие-либо биологически важные особенности этой структуры.
Если возникают проблемы с установкой Jmol и в процессе работы с ним, пишите нам, постараемся помочь.