Вопросы к зачёту МФК "Биоинформатика", весна 2018
1. «Геном как носитель наследственной информации»
- Какие данные и эксперименты доказывают, что последовательность ДНК определяет фенотип организма?
- Дана последовательность одной цепочки ДНК: AATCGGCCC. Напишите последовательность комплементарной цепочки. (Последовательность пишется всегда от 5'-конца к 3'-концу)
- Сколько хромосом у человека? Чем отличаются наборы хромосом у мужчин и женщин?
- Укажите примерные размеры (в парах нуклеотидов) геномов человека, бактерии, вируса
- Что такое митохондриальная ДНК и как она наследуется?
- Почему однояйцовые близнецы так похожи?
Объясните почему наследственное заболевание, вызванное вредной мутацией в митохондриальной ДНК, не передается ребенку при пересадке ядра оплодотворенной яйцеклетки (зиготы) матери в зиготу женщины – донора зиготы? Почему ребенок похож на своих папу и маму, а не на женщину-донора?
- Проект "Геном человека".
- Что такое ген? Какую часть генома человека занимают гены? Что, кроме генов, есть в геноме человека?
- Что такое полиморфизм в геноме? Приведите пример проявлений полиморфизма.
- Для чего читают геномы отдельных людей?
2. «Эволюция. Белки. Выравнивание последовательностей.»
- Типы точечных мутаций в геномной ДНК. Какие изменения последовательности белка могут возникнуть в результате точечной мутации в гене?
- Как сравнить последовательности родственных белков?
- Выравнивание последовательностей
- Что такое филогенетическое дерево родственных белков?
- От чего зависит судьба мутации в популяции?
- Что такое положительный отбор и отрицательный отбор?
- Крупные перестройки в геномах. Карта локального сходства двух геномов.
- Объясните что такое карта локального сходства геномов двух родственных бактерий? Нарисуйте схематически карту в случае делеции длинного участка ДНК в одном геноме.
3. «Пространственная структура макромолекул»
- Способы визуализации пространственных структур на экране компьютера.
- Структура ДНК и РНК
- Структура белка. Внутримолекулярные взаимодействия, способствующие укладке белковой цепи.
- Глобулярные, фибриллярные и мембранные белки.
4. «Биоинформатика и разработка лекарств»
- В чем состоит компьютерная разработка лекарств?
- Что такое молекулярный докинг и виртуальный скрининг библиотек химических соединений?
- Библиотеки химических соединений. В чем состоит фильтрование соединений по свойствам и как оно используется при компьютерная разработка лекарств? «Правило пяти» Лепински.
В чем заключается метод конструирования лигандов "de novo"?
5. «Секвенирование и сборка»
- Какие платформы секвенирования вы знаете?
- Что понимают под покрытием генома?
- Проблема сборки.
- Объясните термины: прочтение ("рид"), контиг, скаффолд.
- Показатели качества сборки: N50 и другие.
6. «Редактирование геномов»
- Что такое редактирование генома и зачем оно нужно?
- Какими способами можно вставить нужный ген в геном организма?
- Проблема прицельного встраивания нужного гена в геном.
- CRISPR/Cas система. Какая у нее функция в природе.
- Генная терапия людей. Проблемы и перспективы.
7.«Молекулярная палеонтология»
Перескажите кратко какой-нибудь сюжет из лекции М.С.Гельфанда — тот, который вы поняли лучше всего.
8.«Некодирующие РНК»
Перескажите кратко какой-нибудь сюжет из лекции А. Жариковой — тот, который вы поняли лучше всего.
9.«Структура хроматина»
Перескажите кратко какой-нибудь сюжет из лекции Е. Храмеевой — тот, который вы поняли лучше всего.