Задания по теме лекции 4

Зачёт темы - при зачёте хотя бы одного из заданий.

Задание 1

Для одного метода NGS объясните какую биологическую задачу решает

Выберите любой метод NGS, НЕ рассказанный в лекции.

Опишите общий принцип работы метода (слишком подробно вдаваться в детали эксперимента не обязательно, но не запрещено).

Краткое описание 1-2 публикаций (не забудьте указать источник!), где этот метод применен: задача исследования и результат.

Публикации можно искать, например, тут: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/, используя в качестве ключевых слов для поиска название метода.

Любая дополнительная информация на ваш выбор.

Если Вы выбрали один из "single cell" методов, поищите, есть ли для этого метода "bulk" вариант.

Отчет 2-3 страницы (файл .docx, .pdf) присылайте на почту azharikova89@gmail.com

Дедлайн: 1 апреля 23:59 (это не шутка! =) )

Задание 2

Определите к какому виду относится данная хроматограмма секвенирования по Сэнгеру

Дано: файл с хромотограммой секвенирования фрагмента ДНК в формате .ab1

Выберите файл самостроятельно из списка, доступного по ссылке

Чтобы файлы не повторялись у разных студентов предлагается отсчитать N-й файл из списка, взяв за N - день вашего рождения, плюс-минус единицы

В отчете должно быть:

• Имя выбранного файла
• Название вида латинское (английское) и русское, к которому относится организм, из которого выделена ДНК
• Изображение этого вида. Если не нашли, то изображение другого вида того же рода; семейства и т.д.
• Что-нибудь любопытное про этот вид (или таксон более высокого уровня)
• Скриншот выдачи программы BLAST со списком лучших находок.
• (*) скриншот короткого участка хромотограммы, на котором компьютер мог ошибиться с выбором одной или нескольких букв
• (*) скриншот безукоризненно читаемого короткого участка хромотограммы
• (*) где был пойман организм, из которого получена ДНК
• (*) какой ген был секвенирован.

(*) - не обязательны для зачёта

Указания.

• Чтобы читать файл формата .ab1 можно использовать этот сервис

• Загрузите файл формата .ab1 => Launch Analysis. Увидите хроматограмму и буквы, которые определил компьютер. Они не всегда правильны, нужен визуальный анализ. Увидите - разберетесь.

• Выберите участок не менее 40 оснований ДНК с достоверным прочтением хроматограммы. Такая длина гарантирует от случайных совпадений. Можно взять и более длинную (хоть всю), но без плохо читаемых участков.
• Как установить соответствие между хромотограммой и последовательностью в нижнем окне. Под хромотограммой написаны буквы (иногда с вариантами в прядке предпочнения). Прочтите несколько подряд и найдите полученное слово поиском (CTRL-F) в нижнем окне.
• Скопируйте участок и сохраните.

• Используйте программу BLAST для поиска похожих последовательностей https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi => Nucleotide BLAST

• Вставьте последовательность в окошко.
• Умолчательные параметры BLAST годятся для вашей задачи. На всякий случай проверьте, что выбран алгоритм Highly similar sequences (megablast) и база данных Nucleotide collection
• BLAST

• Смотрите на лучшую находку. E-value должно быть очень маленьким (E << 0.0001; кто не знает:6e-16 = 6* 1/10^-16 ), Query coverage% под 100% и Identity тоже 100% или близко к 100% (coverage 100% и Identity 100% = полное совпадение, т.е. почти наверняка именно эта последовательность депонирована в банке данных)

• Ссылка в колонке Accession приведет к странице находки с коротким описанием и полной последовательностью находки
• Используйте Google по названию организма, wiki и Google картинки.

PS. Также для хроматограмм можно использовать программы Chromas, Finch TV, установив их на свой компьютер; и много других.