Задания по теме лекции 4
Зачёт темы — при зачёте хотя бы одного из заданий.
Отчет 2–3 страницы (файл .docx, .pdf) присылайте на почту azharikova89@gmail.com
Дедлайн: 3 апреля 23:59
Задание 1
Для одного метода NGS объясните, какую биологическую задачу он решает
Выберите любой метод NGS. Имеется в виду не платформа, а именно протокол (Hi-C, chip-seq, ...)
Опишите общий принцип работы метода (слишком подробно вдаваться в детали эксперимента не обязательно, но не запрещено).
Краткое описание 1–2 публикаций (не забудьте указать источник!), где этот метод применен: задача исследования и результат.
Публикации можно искать, например, тут: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/, используя в качестве ключевых слов для поиска название метода.
Сами методы можно найти, например, тут: http://enseqlopedia.com/enseqlopedia/, но имейте в виду, что список далеко не полный.
Любая дополнительная информация — на ваш выбор.
Если Вы выбрали один из "single cell" методов, поищите, есть ли для этого метода "bulk" вариант.
Задание 2
Определите к какому виду относится данная хроматограмма секвенирования по Сэнгеру
Дано: файл с хроматограммой секвенирования фрагмента ДНК в формате .ab1
Выберите файл самостоятельно из списка, доступного по ссылке
Чтобы файлы не повторялись у разных студентов, предлагается отсчитать N-ый файл из списка, взяв за N день вашего рождения, плюс-минус единицы 
В отчете должно быть:
- Имя выбранного файла
- Название вида латинское (английское) и русское, к которому относится организм, из которого выделена ДНК
- Изображение этого вида. Если не нашли, то изображение другого вида того же рода, семейства и т.д.
- Что-нибудь любопытное про этот вид (или таксон более высокого уровня)
- Скриншот выдачи программы BLAST со списком лучших находок.
- (*) скриншот короткого участка хромотограммы, на котором компьютер мог ошибиться с выбором одной или нескольких букв
- (*) скриншот безукоризненно читаемого короткого участка хромотограммы
- (*) где был пойман организм, из которого получена ДНК
- (*) какой ген был секвенирован.
(*) — не обязательны для зачёта
Указания.
Чтобы читать файл формата .ab1, можно использовать этот сервис
Загрузите файл формата .ab1 => Launch Analysis. Увидите хроматограмму и буквы, которые определил компьютер. Они не всегда правильны, нужен визуальный анализ. Увидите — разберетесь.
- Выберите участок не менее 40 оснований ДНК с достоверным прочтением хроматограммы. Такая длина гарантирует от случайных совпадений. Можно взять и более длинную (хоть всю), но без плохо читаемых участков.
- Как установить соответствие между хромотограммой и последовательностью в нижнем окне. Под хромотограммой написаны буквы (иногда с вариантами в прядке предпочнения). Прочтите несколько подряд и найдите полученное слово поиском (CTRL-F) в нижнем окне.
- Скопируйте участок и сохраните.
Используйте программу BLAST для поиска похожих последовательностей https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi => Nucleotide BLAST
- Вставьте последовательность в окошко.
- Умолчательные параметры BLAST годятся для вашей задачи. На всякий случай проверьте, что выбран алгоритм Highly similar sequences (megablast) и база данных Nucleotide collection
- Нажмите кнопку "BLAST"
Смотрите на лучшую находку. E-value должно быть очень маленьким (E << 0.0001; кто не знает:6e-16 = 6* 1/10-16 ), Query coverage% под 100% и Identity тоже 100% или близко к 100% (coverage 100% и Identity 100% = полное совпадение, т.е. почти наверняка именно эта последовательность депонирована в банке данных)
- Ссылка в колонке Accession приведет к странице находки с коротким описанием и полной последовательностью находки
- Используйте Google по названию организма, wiki и Google картинки.
PS. Также для хроматограмм можно использовать программы Chromas, Finch TV, установив их на свой компьютер и много других, установив их на свой компьютер.