Домашнее задание по лекции 4 (Структура биополимеров)
Дедлайн — 29 марта
1. Найдите в PDB (https://www.rcsb.org/) структуру какого-нибудь белка (если делали задание 2 к предыдущей лекции, можно с тем же названием, что использовали там, можно какого-нибудь другого).
В отчёте приведите: детали поиска (какое слово куда писали и что потом выбирали), сколько всего белков с подобным названием нашлось, код (4 символа) выбранной структуры, её краткое описание (желательно с переводом на русский), дату депонирования в PDB, из какого организма белок, ещё что-то, привлекшее ваше внимание на странице структуры. Из текста, приведенного в Википедии, составьте несколько предложений, описывающих функцию выбранного белка.
Указания. Выясните, как пишется название белка по-английски. Зайдите на сайт PDB. Внесите название в окошко поиска справа вверху или пройдите по ссылке Advanced search, далее действуйте по смыслу. На странице конкретной структуры: краткое описание находится сразу под кодом, остальная информация чуть ниже.
2. На странице структуры найдите гиперссылку “3D View: Structure” и пройдите по ней (если такой гиперссылки вдруг нет, смените браузер :). Найдите окошко “Select a different viewer” и выберите JSmol. Создайте два изображения структуры на сером фоне: полноатомное с раскраской по химическим элементам; остовное с раскраской по цепям и приложите к отчёту графические файлы с изображениями.
Указания. Щёлкните правой кнопкой мыши по окошку JSmol и выберите Console. Чтобы создать полноатомное изображение, нужно выполнить в консоли следующие команды: cpk only, color cpk, background grey. Чтобы перейти от полноатомного изображения к остовному с раскраской по цепям, нужно выполнить следующие команды: cpk off, backbone 0.3 (вместо 0.3 может стоять 0.2 или 0.5, подберите толщину линий по своему вкусу), color chain. Чтобы сохранить изображение в графический файл, нужно (подобрав подходящий ракурс и величину изображения) щёлкнуть правой кнопкой мыши по окошку JSmol и в открывшемся меню выбрать File → Export.
3. (* — дополнительно) Изучите руководство по Jmol https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/Jmol и создайте, пользуясь возможностями Jmol или JSmol (интерфейс у них максимально сближен), какие-нибудь ещё изображения структуры, иллюстрирующие её особенности. Если будете делать это упражнение, обязательно снабдите картинки понятным описанием того, что именно на них изображено!
Выполненное задание присылать Анне Станиславовне Карягиной на адрес akaryagina@gmail.com в виде файла Word или PDF, вставив в текст рисунки. В подписях к каждому рисунку необходимо привести название белка и расшифровать все обозначения. В теме письма указать «МФК Биоинформатика, задание по лекции 4, ФИО, факультет, курс».