Выполненные задания присылать на электронную почту: udavdasha@belozersky.msu.ru (Д.В. Диброва). Пожалуйста, соблюдайте правила называния файлов - см. на главной странице курса!. И указывайте какую-то разумную тему письма, вроде: "Результат выполнения задания к лекции №8 студента такого-то"...
1. Знакомство с базой данных OPM
Цель задания: Научиться работать с базой данных OPM: искать белки, анализировать информацию, представленную в базе данных.
С помощью поиска по уровням классификации в базе данных OPM выберите любой белок. Поищите какой-нибудь интересный!
Особенно любопытными могут быть β-листовые белки. Для выбранного белка определите: - Координаты трансмембранных участков (номера остатков, погруженных в мембрану, указаны в БД).
- В какой мембране находится белок (например, "внешняя мембрана бактерии" и т.п.).
Напишите в отчете, какой белок вы выбрали (название, перевод его на русский язык, идентификатор PDB и идентификатор Uniprot, в какой мембране расположен белок).
Полученные из OPM параметры приведите в отчете в виде таблицы.
Приведите изображение пространственной структуры белка с указанными границами гидрофобной части в отчете с подписью, которая будет объяснять, что и каким образом показано (особенно важно - где какая сторона мембраны).
2. DeepTMHMM: Предсказание трансмембранных элементов по последовательности белка
Цель задания: Опробовать сервер DeepTMHMM на выбранном α-спиральном или β-листовом белке.
Получите последовательности выбранного в Задании №1 белка. Для этого можно воспользоваться поиском в базе данных PDB или в базе данных Uniprot.
Запустите сервис DeepTMHMM для этого белка. Сохраните результаты в графическом и текстовом видах.
Приведите результаты в отчете; в подписям к графической выдаче опишите подробно, что показано по осям и что каким цветом окрашено. Словами опишите, что предсказала программа. Укажите координаты предсказанных программой трансмембранных элементов.
3. Сравнение предсказаний DeepTMHMM и данных OPM
Цель задания: сравнить результаты DeepTMHMM и OPM.
На качественном уровне опишите в отчете, насколько совпадают результаты программы DeepTMHMM со структурной информацией из БД OPM. Есть ли спирали/тяжи, полностью "не замеченные" предсказывающей программой или, наоборот, лишние предсказания? Насколько точно совпадают границы участков, которые предсказаны одновременно обоими методами?
- Если результаты предсказаний отличаются существенно - напишите ваши предположения о том, почему так получилось.