МФК "Биоинформатика", весна 2024
Задания по лекции 9
Найдите в таблице идентификаторы PDB пары выданных Вам белков. Выполните для каждого из них оба задания ниже.
Для выполнения задания дважды заполните форму, используя полученную в заданиях информацию (отдельно для двух белков). Настоятельно рекомендую не только отправить данные в форме, но и вести файл-протокол своих действий и сохранить полученные данные, чтобы иметь возможность исправить допущенные ошибки.
Задание 1. Работа с базой данных о положении белков в мембране OPM
Найдите запись выданного белка в базе данных OPM по идентификатору PDB.
Выпишите название белка, переведите его на русский язык.
Выпишите, к какому организму относится данный белок, найдите название этого организма на русском языке.
Выпишите, в какой мембране располагается данный белок, переведите название на русский язык.
Укажите количество трансмембранных элементов (α-спиралей или β-листов) в одной из субъединиц белка (если информация для разных цепей белка отличается, выберите одну любую и далее работайте с ней)
Выпишите координаты трансмембранных участков по данным OPM в выбранной субъединице белка.
Задание 2. Работа с инструментом предсказания OPM
Найдите запись о выданном белке в PDB.
В записи PDB найдите идентификатор данного белка в UniProt, откройте соответствующую запись UniProt и выпишите идентификатор типа ID (например: CRP_ECOLI) для данного белка. Обратите внимание: если в структуре белка несколько разных полипептидных цепей, убедитесь, что Вы берете именно ту, которая находится в мембране и информацию о которой Вы выписывали в Задании 1.
Скачайте последовательность белка в формате FASTA.
Запустите DeepTMHMM для этого белка. Сохраните результаты в графическом и текстовом виде.
Выпишите координаты трансмембранных участков по предсказанию DeepTMHMM в данном белке.
С какой стороны от мембраны находится N-конец данного белка, и с какой C-конец?
На качественном уровне опишите, насколько совпадают результаты, полученные в этом задании и в предыдущем. Некоторые примеры вопросов, на которые можно при этом отвечать: есть ли трансмембранные элементы (α-спирали или β-листы), полностью "не замеченные" одной из предсказывающих программ? для скольких из них предсказания перекрываются, насколько точно они при этом совпадают? если результаты отличаются, какие варианты объяснения причин этого можно предложить?