Домашнее задание по лекции 7

1. Опишите геном одного вида и пришлите в файле формата word (можно google doc и ссылку на него) .

   • Ограничения:

   • геном этого вида секвенирован и хранится базе данных NCBI genome. Желательно уровень сборки "complete" или "chromosome". Выбирайте Reference Genome
   • В БД хранится список генов, кодирующих белки

В описании укажите:

1. Русское и латинское название вида (можно добавить фото)
2. Размер генома в парах нуклеотидов (bp)
3. Число хромосом (для прокариот плазмиды тоже называются chromosome, угадывается только по размеру "хромосомы")
4. Уровень сборки генома (level)
5. Дату появления генома в БД
6. Число скаффолдов (Scaffolds), если некоторые хромосомы недособраны (состоят из нескольких фрагментов, называемых Scaffolds)
7. GC состав — процент GC пар от всех пар нуклеотидов
8. Sequencing Thechnology (что это такое — будет на следующих лекциях)
9. Biosample — не обязательно, но любопытно!
10. Число генов
11. Число генов белков
12. Число псевдогенов (бывших генов, переставших работать)
13. Для ОДНОГО гена белка, по вашему выбору, найдите что-нибудь о его функции
14. Что-нибудь ещё о генах белков или их числе

2. (Пока не готовы данные) Дан рисунок с картой локального сходства двух последовательностей. Объясните крупные перестройки (и/или придумайте две последовательности для которых карта локального сходства выглядит так).