Практикум 13
Задание 1
Старт-кодоны бактерии Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
ATG 3883
ATT 4
CTG 2
GTG 334
TTC 1
TTG 78
Старт-кодоны бактерии Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64
ACA 1
ATG 1129
GTG 41
TCA 1
TCT 1
TTG 23
Старт-кодоны бактерии Mycoplasma pneumoniae M29
ACC 2
ATA 2
ATC 3
ATG 634
ATT 4
CTG 4
GTG 62
GTT 1
TTA 2
TTG 40
1) Это может быть связано с тем, что некоторые кодоны, находясь в начале гена, начинают кодировать аминокислоту метионин, тем самым они становятся старт-кодонами
2) Также антикодон CAU, соответствующий аминокислоте метионин, может быть частично комплементарен некоторым кодонам. В этом случае кодоны также могут стать старт-кодонами.
Задание 2
Всего таких последовательностей 4. В трех из них стоп-кодон кодирует особую аминокислоту - селеноцистеин, а еще одна последовательность - это псевдоген.
Задание 3
Стоп-кодоны бактерии Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
TGA 1241
TAA 2756
TAG 303
Стоп-кодоны бактерии Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64
TGA 1
TAA 1000
TAG 188
Стоп-кодоны бактерии Mycoplasma pneumoniae M29
TGA 0
TAA 531
TAG 210
У бактерий Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64 и Mycoplasma pneumoniae M29 кодон TGA не является стоп-кодоном, но встречается внутри последовательности. Значит можно предположить, что он кодирует аминокислоту. Статья на эту тему : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4967479/
Задание 4
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
TTA 18484
TTG 18283
CTA 5201
CTC 14926
CTG 71198
CTT 14719
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64
TTA 15077
TTG 8048
CTA 4861
CTC 4491
CTG 4147
CTT 8053
Mycoplasma pneumoniae M29
TTA 8959
TTG 6679
CTA 3619
CTC 2168
CTG 3220
CTT 5267
1) Я думаю, разница в частоте использования кодонов может служить как приспособление для защиты от бактериофагов. У всех бактерий больше всего кодонов TTA, можно предположить, что аминокислота, кодирующаяся этим кодоном, не распознается бактериофагами.
2)У разных бактерий разная частота использования кодонов из-за различных мутаций, происходящих внутри штамма.
Задание 5
График зависимости для бактерии Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 доступен по ссылке: cumulative GC-skew
Минимум cumulative GC-skew = -28,328; максимум = 47,733. Минимальное значение соответствует точке начала репликации, а максимальное - точке терминации.