Практикум №13
Задание 1. Старт-кодоны
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655: ATG (3883), GTG (334), TTG (78), ATT (4), CTG (2), TTC (1);
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64: ATG (1129), GTG (41), TTG (23), ACA, TCA и TCT (по 1);
Mycoplasma pneumoniae M29: ATG (634), GTG (62), TTG (40), ATT и CTG (по 4), ATC (3), ACC, ATA и TTA (по 2), а также GTT (1).
Для всех трёх бактерий наблюдается одна и та же картина: в подавляющем большинстве случаев старт-кодоном является ATG, кроме него часто встречаются GTG и TTG. Примечательно, что оба эти кодона получаются из стандартного ATG заменой первого нуклеотида.
Задание 2. Преждевременный стоп-кодон у E. coli
Последовательностей, содержащих стоп-кодон не только в конце, оказалось четыре:
lcl|U00096.3_cds_249 [gene=insN] [locus_tag=b4587] [db_xref=ASAP:ABE-0285253,ECOCYC:G6130] [protein=CP4-6 prophage; IS911A regulator fragment] [pseudo=true] [location=join(270278..270540,271764..272190)] [gbkey=CDS] - здесь
lcl|U00096.3_cds_AAD13438.1_1457 [gene=fdnG] [locus_tag=b1474] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P24183] [protein=formate dehydrogenase N subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13438.1] [location=1547401..1550448] [gbkey=CDS]
lcl|U00096.3_cds_AAD13456.1_3815 [gene=fdoG] [locus_tag=b3894] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P32176] [protein=formate dehydrogenase O subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13456.1] [location=complement(4082772..4085822)] [gbkey=CDS]
lcl|U00096.3_cds_AAD13462.1_3987 [gene=fdhF] [locus_tag=b4079] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P07658] [protein=formate dehydrogenase H] [transl_except=(pos:418..420,aa:Sec)] [protein_id=AAD13462.1] [location=complement(4297219..4299366)] [gbkey=CDS]
Задание 3. Встречаемость стоп-кодонов
Бактерия |
TGA |
TAA |
TAG |
Другие |
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 |
28.85% (1241) |
64.06% (2756) |
7.04% (303) |
<0.05% (2) |
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64 |
0.08% (1) |
83.61% (1000) |
15.72% (188) |
0.59% (7) |
Mycoplasma pneumoniae M29 |
0% (0) |
70.42% (531) |
27.85% (210) |
1.72% (13) |
Задание 4. Кодоны, кодирующие лейцин
Бактерия |
CTA |
CTC |
CTG |
CTT |
TTA |
TTG |
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 |
3.64% (5201) |
10.45% (14926) |
49.85% (71198) |
10.31% (14719) |
12.94% (18484) |
12.80% (18283) |
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64 |
9.23% (3357) |
10.91% (3968) |
4.71% (1714) |
25.66% (9332) |
40.59% (14766) |
8.90% (3237) |
Mycoplasma pneumoniae M29 |
10.48% (2848) |
11.63% (3161) |
9.10% (2473) |
10.30% (2798) |
37.90% (10302) |
20.60% (5601) |
Задание 5
Ссылка на электронную книгу с графиком