Ответы на вопросы из практикума 13

1-е задание

Escherichia coli

Candidatus Gracilibacteria bacterium

Mycoplasma pneumoniae

Выводы:

Как можно заметить, многие стоп-кодоны встречаются один или несколько раз. Некоторые из них( TTC у к примеру), находятся в псевдогенах. Так же некоторые из них могут иметь специальные функции, к примеру, ограничивающие экспрессию некоторого белка( например, такого, который не нужен в больших количествах).

2-е задание

Искомых последовательностей оказалось 4.

Одна из них является псевдогеном, входящим в состав генома профага. В такой последовательности могли произойти изменения, из за которых кодон, кодировавший аминокислоту стал стоп-кодоном.

Три оставшихся кодируют субъединицы формиатдегидрогеназы, которые содержат аминокислоту селеноцистеин. Она не имеет своего кодона, поэтому для ее кодировки используется стоп-кодон с некоторой последовательностью после него.

3-е задание

Количество стоп-кодонов у бактерий:

Выводы:

У второй и третьей бактерии заметно отсутствие стоп-кодонов TGA , так как он вероятно исполняет другую функцию - например, кодируют аминокислоту.

4-е задание

Количество кодонов, кодирующих лейцин:

У каждой из бактерий один из кодонов представлен в количестве существенно большем, чем остальные. Предположу, что это обусловлено тем, что проще использовать одинаковые тРНК при сборке белка, чем использовать большое количество различных.

5-е задание

Гугл-таблица с отчетом о задании