Практикум 4

Выполнила Литвинова Анастасия

Задание 1

Копирование файла производилось через WinSCP 5.17.7 с помощью Ctrl+c и Ctrl+v из личной папки pr 4 на сервере Kodomo на собственный компьютер. На моей картинке изображены вымершие саблезубые кошки. На переднем плане расположилось семейство с маленькими котятами, а на заднем пробегает их добыча.

Задание 2

Я отправила фотографию из своего летнего похода в Хибины. По ней кажется, что погода в тот день была хорошей, но на самом деле через несколько минут после того, как меня щелкнули, полил жуткий дождь и задул сильный ветер. Так всегда происходит в Хибинах; дожди, туманы, ветер и редкое солнце, – это визитки тех мест.

Задание 3

В директории содержится 88 файлов.

ana-liva@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls -l | wc -l # Первая команда на выходе дает строки с информацией об одном файле, вторая их считает и выдает количество.
89

Поскольку команда ls -l выдает отдельные строки с информацией по каждому файлу и плюс строку total, не являющуюся файлом, поэтому ее не нужно учитывать в итоговом числе файлов (строк).

В директории 14 файлов, оканчивающихся на .txt.

ana-liva@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls -l | grep '.txt$' | wc -l #Здесь добавилась команда grep, которая на выходе дает подходящие строчки
14

Для создания объединяющего файла формата fasta был составлен следующий список команд:

ana-liva@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls -R | grep -w 'fasta$' #Опция второй команды позволяет выводить только слова, а не строки, при соответствии 
1.fasta
Xax229_230.fasta
pan1_mouse.fasta
pan3_mouse.fasta
ana-liva@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ cat 1.fasta Xax229_230.fasta pan1_mouse.fasta pan3_mouse.fasta >~/term1/block1/credits/Litvinova_all.fasta

Задание 4

Создание файла названий файлов fasta при помощи комбинации команд:

ana-liva@kodomo:~/term1/block1/credits$ less Litvinova_all.fasta | grep '^>' > Litvinova_all.names

Подсчет числа названий в файлах fasta:

ana-liva@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ less 1.fasta | grep -c '^>'
1
ana-liva@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ less Xax229_230.fasta | grep -c '^>'
2
ana-liva@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ less pan1_mouse.fasta | grep -c '^>'
1
ana-liva@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ less pan3_mouse.fasta | grep -c '^>'
1

Дополнительное задание

Я выбрала файл 1DLP.pdb

ana-liva@kodomo:/P/y08/Term_5/Materials$ less 1DLP.pdb | grep '^ATOM' | grep -c 'HIS'
300

Первая команда grep дает на выходе строки начинающиеся только на ATOM, вторая команда grep с опцией -с подсчитывает количество строк, содержащих еще HIS.