Solution

1. Найдем потенциальное местоположение старт-кодона гена (приближенно):

fuzznuc -pattern ATG '/P/y20/SARS-CoV-2.fasta[26500:26600]' -stdout


Start     End  Strand Pattern     Mismatch Sequence
  26523   26525       + pattern:ATG        . ATG
  26579   26581       + pattern:ATG        . ATG

2. Найдем потенциальное местоположение стоп-кодона гена (приближенно):

fuzznuc -pattern TRR '/P/y20/SARS-CoV-2.fasta[27150:27200]' -stdout


Start     End  Strand Pattern     Mismatch Sequence
  27158   27160       + pattern:ATG        . TAG
  27164   27166       + pattern:ATG        . TGA
  27189   27191       + pattern:ATG        . TAA 
  27193   27195       + pattern:ATG        . TGA

3. Вычислим и проверим на кратность трем (на принадлежность кодонов к одной рамке считывания) разности значений позиций найденных старт- и стоп-кодонов:

(27158-26523):3=211.666...
(27164-26523):3=213.666...
(27189-26523):3=222
(27193-26523):3=223.333...

(27158-26579):3=193
(27164-26579):3=195
(27189-26579):3=203.333...
(27193-26579):3=204.666...

4. Нам подошли 3 варианта:

27189-26523
27158-26579
27164-26579

5. Проверим по базе данных NCBI:

Оказалось, что первые нуклеотиды старт- и стоп-кодона согласуются с позициями 26523 и 27191 соответственно. Задача решена.