14 Практикум

Задание 1 (Старт кодоны)

Был проведён анализ нуклеотидных последовательностей бактерий с целью анализа частот встречаемости различных старт кодонов (см. Сопроводительные материалы к практикуму 14) После чего было сделать выводы о том, что самый распространённым старт кодоном у всех трех бактерий является кодон ATG. Также на порядок меньше, но все же значительную долю от старт кодонов составляют кодоны TTG и GTG (3,5%-12,9%), в зависимости от кодона и бактерии. Остальные варианты старт кодонов встречаются реже (Суммарно~1%) и часто могут присутствовать не у всех трёх видов, что может наводить на мысль о их некой специальной функции для конкретной бактерии связанной с её средой обитания, условиями жизни и другими факторами. Но для проверки данной гипотезы требуется дополнительный более детальный анализ данных и скорее всего подкрепление экспериментом в лаборатории.

Возможные причины наличия альтернативных старт кодонов :

1) Регуляция экспрессии(редкие гены (например, стрессовых белков) часто имеют специфические старт-кодоны, чтобы не тратить зря энергию без необходимости)

2) Эволюционные преимущества(Возможность при разных прочтениях( начиная с одного старт кодона, кодировать одно), с другого(который например внутри первой последовательности)- другое, компактнее, следовательно более быстро реплицируемое, а значит, бактерия может быстрее делится)

3) Адаптация к стрессу (Например синтез более коротких пептидов, для быстрого реагирования, нет времени ждать пока синтезируется что-то сложное, пока синтезируется, можем бактерия может умереть. Или возможно кодоны с G и C устойчивее при высоких температурах( но конкретно в этих случаях, наверное это не достаточно актуально))

4) защита от антибиотиков (антибиотики, которые завязаны на блокировку репликации, через блокировку старт кодоны, при изменении этого кодона, будут связывать меньше)

5)Защита от бактериофагов (измененные кодоны мешают фагам с эукариот-подобным кодом, блокируя их репликацию в бактериях)

Сопроводительные материалы

Ссылка на колаб:Код Таблица c результатами : Таблица с результатами