Практикум 13

Все кода для заданий: https://colab.research.google.com/drive/1EUVbg1NdAF4Qvb1JH1DRllZc-muZnOY-?usp=sharing

Задание 1

Escherichia coli:

• ATG 3890, GTG 338, TTG 80, ATT 4, TTC 1, CTG 2

Candidatus Gracilibacteria:

• ATG 1129, GTG 41, TTG 23, TCA 1, ACA 1, TCT 1

Mycoplasmoides pneumoniae:

• ATG 629, GTG 60, TTG 53, ATT 8, ATC 1, CTG 1, CTC 2, ATA 4, GGA 1, ACT 1, CAA 2, AAA 1, TTA 3, GTT 1, TCT 1,

  GAA 1

Альтернативные старт кодоны могут быть из-за точечных мутаций и кодон 'GTG' второй по встречаемости, он частично комплементарен антикодону т-РНК, и из-за этого может иногда выполнять роль старт кодона. Остальные редкие старт-кодоны могут регулировать экспрессию генов с помощью того, что редко срабатывают.

Задание 2

Описания последовательностей содержащих стоп кодон не в конце:

lcl|U00096.3_cds_b4587_250 [gene=insN] [locus_tag=b4587] [db_xref=ASAP:ABE-0285253,ECOCYC:G6130] [protein=IS911A regulator fragment] [pseudo=true] [location=join(270278..270540,271764..272190)] [gbkey=CDS]

lcl|U00096.3_cds_AAD13438.1_1459 [gene=fdnG] [locus_tag=b1474] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P24183] [protein=formate dehydrogenase N subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13438.1] [location=1547401..1550448] [gbkey=CDS]

lcl|U00096.3_cds_AAD13456.1_3824 [gene=fdoG] [locus_tag=b3894] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P32176] [protein=formate dehydrogenase O subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13456.1] [location=complement(4082772..4085822)] [gbkey=CDS]

lcl|U00096.3_cds_AAD13462.1_3997 [gene=fdhF] [locus_tag=b4079] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P07658] [protein=formate dehydrogenase H] [transl_except=(pos:418..420,aa:Sec)] [protein_id=AAD13462.1] [location=complement(4297219..4299366)] [gbkey=CDS]

1 - псевдоген, стоп кодон появляется из-за того что сбивается рамка считывания, так как он подпоследовательность.

2 - формиатдегидрогеназа N

3 - формиатдегидрогеназа O

4 - формиатдегидрогеназа H

в 2,3 и 4 'TGA' кодирует селеноцистеин.

Задание 3

Escherichia coli:

• TGA 1246, TAA 2761, TAG 306, ATA 1, GAA 1

Candidatus Gracilibacteria:

• TGA 1, TAA 1000, TAG 188, TCT 2, TTA 1, AAA 1, CTT 1, ACA 1, GAA 1

Mycoplasmoides pneumoniae:

• TGA 0, TAA 533, TAG 221, ACT 1, ATA 1, GGG 4, AAT 1, CCC 1, GGT 1, GAT 1, TAT 1, ATT 1, TAC 1, AAA 1,

  TTA 1

У второй и третьей бактерии пропадает стоп-кодон 'TGA' так как он может кодировать аминокислоту (триптофан у Mycoplasma pneumoniae M29, глицин у Candidatus Gracilibacteria ).

Задание 4

Escherichia coli:

• TAA 2, CAA 20628, GAA 53327, GAG 23896, TAG 0, CAG 38834,

Candidatus Gracilibacteria:

• TAA 2, CAA 8888, GAA 22009, GAG 6093, TAG 4, CAG 1789

Mycoplasmoides pneumoniae:

• TAA 279, CAA 9776, GAA 10862, GAG 3746, TAG 128,

  CAG 4005

UUA, UUG, CUU, CUC, CUA и CUG - кодоны иРНК кодирующие лейцин

TAA, CAA, GAA, GAG, TAG и CAG - триплеты ДНК кодирующие лейцин

Изменение частоты может происходить из-за мутаций, и отображать адаптацию бактерии к среде обитания, особенности генома.