Практикум №4

Задание №1

Файл, заранее переименованный и скопированный в директорию /home/students/y20/daria.kho/term1/block1/pr4 я перебросила на свой компьютер следующим образом:

I. Вошла в системy по протоколу sftp

dasha@MacBook-Air-Daria ~ % sftp daria.kho@kodomo.fbb.msu.ru
Password:
Connected to kodomo.fbb.msu.ru.

II. Перешла в нужную директорию с искомым файлом

III. C помощью команды get перебросила файл Kholdina_image.jpeg на свой компьютер

sftp> get Kholdina_image.jpeg
Fetching /home/students/y20/daria.kho/term1/block1/pr4/Kholdina_image.jpeg to Kholdina_image.jpeg
/home/students/y20/daria.kho/term1/block1/pr4/Kholdina_image.jpeg    100%   95KB   1.2MB/s   00:00
sftp>

IV. Открыла его и обнаружила на картинке представителя вида Homo Sapiens, предположительно кроманьонца

Задание №2

Эта фотография была сделана одним прекрасным дождливым вечером в лондонском China town

Задание №3

I. Количество файлов в директории /P/y20/term1/pr4/files: 91

C помощью опции -А команды ls учитываются все файлы директории, включая файлы, имя которых начинается с точки (но эта опция исключает '.' и '..')

daria.kho@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls -A | cat -n
     1  .BSgXyv
     2  .CCDOq.tmp
     3  .cmkTBo.tmp
     4  1.fasta
     5  AQTgzr.tmp
     6  BivtH-fasta.tmp
     7  DZZnbw-fasta.tmp
     8  E.txt
     9  EDkgUn.tmp
    10  EPyxELQ.tmp
    11  EQXcJSU
    12  EwNc-.Id
    13  FCUtfr.Z-fasta.tmp
    14  FtWrGcg-fasta.tmp
    15  GYffm
    16  HFTzSU-fasta.tmp
    17  HyL_AGV.tmp
    18  I.txt
    19  IKottQB.tmp
    20  LduHSSY.tmp
    21  LoxTVI
    22  M.hep.tmp
    23  QogFn_k
    24  QsRHJs
    25  SPfnMtD
    26  TySQkQ.tmp
    27  UtKTc.tmp
    28  V.txt
    29  VbLbQCF
    30  X-ClAlpJ
    31  Xax229_230.fasta
    32  bigvalues2_ile.txt
    33  bigvalues_ile.txt
    34  bmBpG-fasta.tmp
    35  cGeddD-fasta.tmp
    36  checkrec-20080726.txt
    37  cosmeg.txl
    38  dua.txt
    39  eSesnDZ.tmp
    40  euk.txt
    41  euk_list2.txt
    42  euk_sizes.txt
    43  euk_sizes2.txt
    44  fastaAGzLyzQ.tmp
    45  fastaBAd-gZG.tmp
    46  fastaCUgEJzY-.tmp
    47  fastaCm--df.tmp
    48  fastaFJRFqCYy.tmp
    49  fastaLFyRIGS.tmp
    50  fastaPYhUm.tmp
    51  fastaWEqhRPz.tmp
    52  fastaWLrzab.tmp
    53  fastaYbDsPjhY.tmp
    54  fastaYvINd-yK.tmp
    55  fastafxyMuE.tmp
    56  fastahiZynfo.tmp
    57  fastakwDllpL.tmp
    58  fastaluWEhkOs.tmp
    59  fastarVCVTXPS.tmp
    60  fastardX-DBs.tmp
    61  fastaubnbqm_.tmp
    62  fastawdQpbRg.tmp
    63  fastawzDCWo-.tmp
    64  fbNeVEGk
    65  fhMrSBh
    66  hallam.lxt
    67  jmWCqJMV-fasta.tmp
    68  k-MpzIn-fasta.tmp
    69  mV-BtE.
    70  nFgRRi
    71  nMxJx.tmp
    72  nYFVcwlP.tmp
    73  ocjthfi
    74  odeen.txt
    75  omnuPpi.tmp
    76  pan1_mouse.fasta
    77  pan3_mouse.fasta
    78  qNazPPy
    79  qRAvqb.tmp
    80  qiB.Dbop.tmp
    81  qwerty.stub
    82  rNHkrvO
    83  rccPGHm-fasta.tmp
    84  rjwjNexV
    85  temp.txt
    86  tritt.txt
    87  vNlYNfVB.tmp
    88  wRGrtSlf
    89  x.Wq
    90  xoXkYqk.tmp
    91  yF_foXf.tmp

или более компактно

daria.kho@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls -A | wc -l
91

* Если же не считать файлы, начинающиеся с точки , то результат будет немного другим

daria.kho@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls | wc -l
88

II. Количество файлов, имена которых заканчиваются на '.txt': 14

daria.kho@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls -A | grep -c '.txt$'
14

III. Перемещаю содержимое всех файлов /P/y20/term1/pr4/files, содержащих '.fasta' в /term1/block1/credits/Kholdina_all.fasta c помощью команды cat

daria.kho@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ cat *'.fasta' > ~/term1/block1/credits/Kholdina_all.fasta

Задание №4

I. Отсортирую строки файла Kholdina_all.fasta, начинающиеся с '>' c помощью grep и перенесу в Kholdina_all.names

daria.kho@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ grep '^>' ~/term1/block1/credits/Kholdina_all.fasta > ~/term1/block1/credits/Kholdina_all.names

II. Найду количество строк, начинающихся на '>', из файлов, оканчивающихся на '.fasta' в директории /P/y20/term1/pr4/files

daria.kho@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ grep -c '^>' *'.fasta'
1.fasta:1
Xax229_230.fasta:2
pan1_mouse.fasta:1
pan3_mouse.fasta:1

Всего их 5

III. Выведу на экран все файлы в /P/y08/Term_5/Materials, чьё имя оканчивается на '.pdb'

daria.kho@kodomo:/P/y08/Term_5/Materials$ ls | grep '.pdb$'
1DLP.pdb
1GT0.pdb
1KMY.pdb
1MNM.pdb
2B5A.pdb
5RXN.pdb
7GPB.pdb

Из них выберу 1MNM.pdb для выполнения следующего задания

Итак, найду число атомов гистидина в структуре белка

daria.kho@kodomo:/P/y08/Term_5/Materials$ grep '^ATOM' 1MNM.pdb | grep -c 'HIS'
60

Полученный ответ: 60

Исправление пункта III задания №3

Не знаю, как так получилось, что файл пустой. В любом случае, чтобы это исправить выполняю команду

daria.kho@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ cat *'.fasta' >> ~/term1/block1/credits/Kholdina_all.fasta

* '>>' вместо '>', так как файл Kholdina_all.fasta уже существует