Практикум 4, задания 1, 3 и 4:

Задание 1

Описание копирования файла

Для того, чтобы скопировать файл с kodomo я воспользовался двумя стратегиями:

Сначала я решил выполнить все операции в командной строке. Для этого я воспользовался протоколом sftp. Ввел путь до директории с необходимым файлом:

 sftp> cd /home/students/y20/gennady.belyaev/term1/block1/pr4

Проверил наличие файла:

 sftp> ls 

 belyaev_image.jpeg

Ввел команду get с именем файла:

 sftp> get belyaev_image.jpeg

После этого получил следующую информацию:

 Fetching /home/students/y20/gennady.belyaev/term1/block1/pr4/belyaev_image.jpeg to belyaev_image.jpeg

/home/students/y20/gennady.belyaev/term1/block1/pr4/belyaev_image.jpeg                100%   86KB   1.8MB/s   00:00

После чего нашел файл в проводнике и открыл его.

Затем я применил вторую стратегию, скачав графический протокол WinSCP. Ввел свой логин и пароль от kodomo. Нашел с его помощью необходимый файл в директории pr4 и скопировал на свой компьютер. Что намного проще.¯\_(ツ)_/¯

Описание содержимого файла

В файле лежит написанная маслом картина, на которой изображен динозавр (предположительно Игуанодон), стоящий на задних лапах возле костей других динозавров. На заднем фоне пейзаж мезозоя.

Задание 2

Описание фотографии, загруженyой на kodomo

На фотографии я просто дурачусь перед экраном в конференции с друзьями. Простите, но какие-то более личные фотографии загружать на открытую страницу не хочется.

Задание 3

Количество файлов в папке /P/y20/term1/pr4/files

88 файлов.

Для подсчета количества файлов я перенаправил на stdin результат команды ls , которая выводит список файлов. В стандартном потоке ввода я ввел команду wc -w , которая подсчитывает количество слов:

 gennady.belyaev@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls | wc -w 

 88

Также можно заменить в этой команде ls на ls -1 , а wc -w на wc -l с тем же самым результатом:

 gennady.belyaev@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls -1 | wc -l 

 88

Количество файлов, заканчивающихся на .txt, в папке /P/y20/term1/pr4/files

14 файлов.

Для подсчета количества файлов, я перенаправил на stdin результат команды ls -1 , которая выводит список файлов по одному в строке. В стандартном потоке ввода я ввел команду grep -c ".txt$" , которая подсчитывает количество строк заканчивающихся на .txt :

 gennady.belyaev@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls -1 | grep -c ".txt$" 

 14

Объединение всех файлов .fasta

Для объединения всех fasta файлов я перенаправил вывод команды cat *.fasta на stdout, где указал расположение файла:

gennady.belyaev@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ cat *.fasta >> ~/term1/block1/credits/belyaev_all.fasta

Задание 4

Создание файла из строк, начинающихся с >

Для создания файла, состоящего из строк файла belyaev_all.fasta , начинающихся с > , я перенаправил вывод программы grep "^>" belyaev_all.fasta в файл belyaev_all.names :

gennady.belyaev@kodomo:~/term1/block1/credits$ grep "^>" belyaev_all.fasta > belyaev_all.names

Подсчет количества строк, начинающихся с >, для каждого из файлов

Для подсчета количества строк, начинающихся с >, для каждого из fasta файлов я в качестве аргумента при grep -c "^>" подставил *.fasta:

gennady.belyaev@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$  grep -c "^>" *.fasta
1.fasta:1
Xax229_230.fasta:2
pan1_mouse.fasta:1
pan3_mouse.fasta:1

*Дополнительное. Подсчет количества атомов гистидина в белке.

Я выбрал белок 2B5A.pdb

Для подсчета количества атомов гистидина в белке я перенаправил выход программы grep "HIS" 2B5A.pdb на вход программы grep -c "^ATOM" :

gennady.belyaev@kodomo:/P/y08/Term_5/Materials$ grep "HIS" 2B5A.pdb | grep -c "^ATOM"

80

Получается в белке 80 атомов принадлежащих гистидину

Kodomo

Пользователь