Содержимое страницы «Users/habiby/pr12».
Задание 1.
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
ATG 3890
ATT 4
CTG 2
GTG 338
TTC 1
TTG 80
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64
AAA 1
ACA 1
ACT 1
ATA 3
ATC 1
ATG 627
ATT 7
CAA 1
CAC 1
CTA 1
CTC 3
CTG 2
GAA 1
GTG 60
GTT 1
TCC 2
TCT 1
TGA 1
TTA 1
TTC 1
TTG 49
Mycoplasma pneumoniae M29
ACA 1
ATG 1129
GTG 41
TCA 1
TCT 1
TTG 23
Кодон ATG в роли старт-кодона является самым часто встречаемым во всех последовательностях. Второй по частоте кодон- GTG отличается от ATG только первым нуклеотидом, а A и G являются пуриновыми нуклеотидами, поэтому, возможно, не столь важно, какой из них идет первым. Также встречаются старт-кодоны, у которых второй нуклеотид T, третий- G. Возможно, это связано с тем, что второй и третий нуклеотиды играю более важную роль, чем первый. Остальные старт кодоны, возможно, являются результатами мутаций.
Задание 2. Последовательность, в которой стоп-кодон является псевдогеном, появившемся в результате мутации:
lcl|U00096.3_cds_250 [gene=insN] [locus_tag=b4587] [db_xref=ASAP:ABE-0285253,ECOCYC:G6130] [protein=IS911A regulator fragment] [pseudo=true] [location=join(270278..270540,271764..272190)] [gbkey=CDS]
Последовательности, в которых стоп-кодоны кодируют селеноцистеин (трансляционное перекодирование):
lcl|U00096.3_cds_AAD13438.1_1459 [gene=fdnG] [locus_tag=b1474] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P24183] [protein=formate dehydrogenase N subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13438.1] [location=1547401..1550448] [gbkey=CDS]
lcl|U00096.3_cds_AAD13456.1_3824 [gene=fdoG] [locus_tag=b3894] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P32176] [protein=formate dehydrogenase O subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13456.1] [location=complement(4082772..4085822)] [gbkey=CDS]
lcl|U00096.3_cds_AAD13462.1_3997 [gene=fdhF] [locus_tag=b4079] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P07658] [protein=formate dehydrogenase H] [transl_except=(pos:418..420,aa:Sec)] [protein_id=AAD13462.1] [location=complement(4297219..4299366)] [gbkey=CDS]
Задание 3.
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
TGA 1246
TAA 2761
TAG 306
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64
TGA 0
TAA 526
TAG 220
Mycoplasma pneumoniae M29
TGA 1 (в псевдогене)
TAA 1000
TAG 188
У Candidatus TGA кодирует глицин, у Mycoplasma триптофан, а не является стоп-кодоном
Задание 4.
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
CTA 5203
CTC 14952
CTG 71305
CTT 14728
TTA 18505
TTC 22229
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64
CTA 2826
CTC 3158
CTG 2470
CTT 2782
TTA 10294
TTC 3341
Mycoplasma pneumoniae M29
CTA 3357
CTC 3968
CTG 1714
CTT 9332
TTA 14766
TTC 3504
Разница в частоте использования кодонов может быть объяснена разным GC-составом: в одной бактерии- белков, в трех бактериях- ДНК.
Задание 5.
Задание 6.