Практикум №13
Задание №1:
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
ATG - 3883
GTG - 334
TTG - 78
ATT - 4
CTG - 2
TTC - 1
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64
ACA - 1
ATG - 1129
GTG - 41
TCA - 1
TCT - 1
TTG - 23
Mycoplasma pneumoniae M29
ACC - 2
ATA - 2
ATC - 3
ATG - 634
ATT - 4
CTG - 4
GTG - 62
GTT - 1
TTA - 2
TTG - 40
Выводы:
1. Редкие альтернативные старт-кодоны могут быть особым способом регуляции экспрессии генов.
2. Некоторые альтернативные старт-кодоны частично комплементарны антикодону т-РНК.
Задание №2:
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
►lcl|U00096.3_cds_249 [pseudo=true][gbkey=CDS]
Причина: псевдоген
Причина: это ген, кодирующий формиатдегидрогеназу, который содержит селеноцистеин.Он кодируется стоп-кодоном TGA, так как в генетическом коде у селеноцистеина нет кодона .
Причина: это ген, кодирующий формиатдегидрогеназу, который содержит селеноцистеин.Он кодируется стоп-кодоном TGA, так как в генетическом коде у селеноцистеина нет кодона .
Причина: это ген, кодирующий формиатдегидрогеназу, который содержит селеноцистеин.Он кодируется стоп-кодоном TGA, так как в генетическом коде у селеноцистеина нет кодона .
Задание №3:
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
TGA 1281
TAA 2808
TAG 314
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64
TGA 1
TAA 1000
TAG 188
Mycoplasma pneumoniae M29
TGA 0
TAA 531
TAG 210
Причины:
У второй и третьей бактерии TGA не является стоп-кодоном, он кодирует аминокислоту глицин.
Источник:
Никитин, А.В. О кодировании аминокислот в иРНК.
Задание №4
Кодоны лейцина: TTA, TTG, CTA ,CTC ,CTG , CTT
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
CTA - 5201
CTC - 14926
CTG - 71198
CTT - 14719
TTA - 18484
TTG - 18283
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64
CTA - 3357
CTC - 3968
CTG - 1714
CTT - 9333
TTA - 14767
TTG - 3237
Mycoplasma pneumoniae M29
CTA - 2848
CTC - 3161
CTG - 2473
CTT - 2798
TTA - 10302
TTG - 5601
Выводы:
1) В бактерии синонимичные кодоны встречаются с разной частотой. Возможно, это может являться средством защиты от различных бактериофагов,
2) Из-за мутаций, разных бактериофагов у данных бактерий частота синонимичных кодонов может меняться .
Задание №5
Минимум cumulative GC-skew: начало реплекации.
Максмум cumulative GC-skew: терминация репликации.
Разрыв цепи в области начала репликации.
График в EXCEL
Задание №6
Наиболее часто встречаемые 6-меры
AAAAAA - 175
AAGGAG - 177
ATGAAA - 273
GAAAAA - 187
TGAAAA - 195
Это Последовательности Шайна — Дальгарно — сайт связывания рибосом у прокариот, обычно на расстоянии около 10 нуклеотидов до стартового кодона ATG. Описана австралийскими учёными Джоном Шайном и Линн Дальгарно.
Users/imperial/pr12 (последним исправлял пользователь imperial 2021-12-22 15:38:02)
