Получение справки
Команда cut (remove sections from each line of files)
Эта команда позволяет вырезать часть текста, который находится в файле либо просто напечатан через стандартный ввод. Обязательные аргументы для длинных опций обязательны и для коротких.
Опции
1) -с, --characters=LIST (выбирает только те символы, набор символов или диапазон символов, которые нужно вырезать. Результатом действия опции является вырезание выбранных символов)
2) -f, --fields=LIST ( выбирает, только то поле, набор полей или диапазон полей, которые нужно вырезать. Результатом действия опции является вырезание выбранных полей)
В LIST записывается тот диапазон, который должен быть вырезан
Пример использования: Далее я приведу пример использования на файлах, которые я использую для исследования своей бактерии (Coxiella burnetii RSA 493)
cut -c1- /home/students/y22/lnik04/term1/genome/GCF_000007765.2_ASM776v2_genomic.fna
>NC_002971.4 Coxiella burnetii RSA 493, complete genome
TACTTTTATTCTAGCGCCAGTTCGATAAAAATATGAACAATTAAAACTTTAATTTCTTTTCTTTCCACTCTAGATAAGTT
ATCCACAGCGAGATAGAATAAGTGTCTTACAAACTCCAAATTTCTGAACTTGCACGATTATGTCATTACCAACCTCTT...
Результат: вырезание всего с 1-го символа
cut -c2- /home/students/y22/lnik04/term1/genome/GCF_000007765.2_ASM776v2_genomic.fna
NC_002971.4 Coxiella burnetii RSA 493, complete genome
ACTTTTATTCTAGCGCCAGTTCGATAAAAATATGAACAATTAAAACTTTAATTTCTTTTCTTTCCACTCTAGATAAGTT
TCCACAGCGAGATAGAATAAGTGTCTTACAAACTCCAAATTTCTGAACTTGCACGATTATGTCATTACCAACCTCTT...
Результат: вырезание всего со 2-го символа
cut -c1 /home/students/y22/lnik04/term1/genome/GCF_000007765.2_ASM776v2_feature_table.txt
#
g
C
g
C
g
C
g ...
Результат: вырезание всех первых символов
cut -f1 /home/students/y22/lnik04/term1/genome/GCF_000007765.2_ASM776v2_feature_table.txt
# feature
gene
CDS
gene
CDS
gene
CDS
gene
CDS ...
Результат: вырезание 1-го столбца таблицы
cut -f 1,10 /home/students/y22/lnik04/term1/genome/GCF_000007765.2_ASM776v2_feature_table.txt
# feature strand
gene -
CDS -
gene +
CDS +
gene +
CDS + ...
Результат: вырезание 1-го и 10-го столбцов