Содержимое страницы «Users/m.lipchenchuk/pr13».
Отчет о практической работе 13
Задание 1. Старт-кодоны
Bacillus subtilis
Старт-кодон |
Количество |
Примечание |
||
AAG |
1 |
Псевдоген |
||
AAT |
2 |
Псевдоген |
||
ACA |
1 |
Псевдоген |
||
ACG |
1 |
Псевдоген |
||
AGA |
1 |
Псевдоген |
||
AGC |
1 |
Псевдоген |
||
AGG |
1 |
Псевдоген |
||
ATC |
5 |
Псевдоген |
||
ATG |
3332 |
Самый распространенный старт-кодон |
||
ATT |
13 |
Слабый старт-кодон |
||
CAA |
2 |
Псевдоген |
||
CGG |
1 |
Псевдоген |
||
CTA |
2 |
Псевдоген |
||
CTG |
6 |
Слабый старт-кодон |
||
GAA |
1 |
Псевдоген |
||
GAT |
2 |
Псевдоген |
||
GGT |
1 |
Псевдоген |
||
GTA |
1 |
Псевдоген |
||
GTG |
395 |
Альтернативный старт-кодон |
||
TAT |
1 |
Псевдоген |
||
TTA |
1 |
Псевдоген |
||
TTG |
564 |
Альтернативный старт-кодон |
||
TTT |
2 |
Псевдоген |
||
Peptoclostridium acidaminophilum
Старт-кодон |
Количество |
Примечание |
||
AAG |
1 |
Псевдоген |
||
AAT |
1 |
Псевдоген |
||
ATA |
9 |
Слабый старт-кодон |
||
ATC |
4 |
Псевдоген |
||
ATG |
1676 |
Самый распространенный старт-кодон |
||
ATT |
8 |
Слабый старт-кодон |
||
CGT |
1 |
Псевдоген |
||
CTA |
1 |
Псевдоген |
||
CTG |
2 |
Слабый старт-кодон |
||
GGT |
1 |
Псевдоген |
||
GTG |
185 |
Альтернативный старт-кодон |
||
TAC |
1 |
Псевдоген |
||
TTA |
1 |
Псевдоген |
||
TTG |
248 |
Альтернативный старт-кодон |
||
Ureaplasma urealyticum parvum
Старт-кодон |
Количество |
Примечание |
||
ATA |
2 |
Слабый старт-кодон |
||
ATC |
1 |
Псевдоген |
||
ATG |
561 |
Самый распространенный старт-кодон |
||
ATT |
2 |
Слабый старт-кодон |
||
CTT |
1 |
Псевдоген |
||
GTG |
22 |
Альтернативный старт-кодон |
||
TAT |
1 |
Псевдоген |
||
TTA |
2 |
Псевдоген |
||
TTG |
24 |
Альтернативный старт-кодон |
||
Самый распространенный (основной) старт-кодон у всех изученных организмов - ATG, кодирующий метионин. Также есть два менее распространенных старт-кодона: GTG (валин) и TTG (лейцин). Эти альтернативные старт-кодоны отличаются от основного одним нуклеотидом и срабатывают за счет "вобблинга" в рибосоме. Кроме того присутствуют слабые старт-кодоны: CTG (отсутствует у Ureaplasma urealyticum parvum) (кодирует лейцин), ATT (изолейцин) и ATA (отсутствует у Bacillus subtilis) (изолейцин). Различные единичные старт-кодоны встречаются в псевдогенах.
Причины использования отличных от ATG старт-кодонов:
1. Альтернативные кодоны за счет неполной комплементарности с антикодоном инициирующей аминоацил-тРНК имеют меньшее к ней сродство, а значит их использование - один из способов регуляции трансляции генов;
2. Слабые старт-кодоны также выполняют функцию регуляции трансляции;
3. Многие атипичные старт-кодоны могли появиться как результат мутаций. Они расположены в псевдогенах - генах, потерявших свою функцию;
4. Некоторые из найденных атипичных старт-кодонов с небольшой вероятностью могут быть результатом ошибки секвенирования.
Задание 2. Преждевременные стоп-кодоны
Названия и описания CDS Peptoclostridium, содержащих преждевременные стоп-кодоны
lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_084480872.1_219 [gene=grdH] [locus_tag=EAL2_RS01400] [protein=betaine reductase selenoprotein B] [transl_except=(pos:1045..1047,aa:Sec)] [protein_id=WP_084480872.1] [location=245701..247014] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_084480887.1_364 [gene=fdhF] [locus_tag=EAL2_RS15100] [protein=formate dehydrogenase subunit alpha] [transl_except=(pos:1048..1050,aa:Sec)] [protein_id=WP_084480887.1] [location=397773..400454] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_EAL2_RS03255_591 [locus_tag=EAL2_RS03255] [protein=SNF2-related protein] [pseudo=true] [partial=5'] [location=complement(625054..>629987)] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_EAL2_RS03405_622 [gene=htpG] [locus_tag=EAL2_RS03405] [protein=molecular chaperone HtpG] [pseudo=true] [location=complement(664766..666649)] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_084480923.1_823 [gene=grdA] [locus_tag=EAL2_RS04380] [protein=glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A] [transl_except=(pos:130..132,aa:Sec)] [protein_id=WP_084480923.1] [location=879244..879720] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_084480926.1_824 [gene=grdB] [locus_tag=EAL2_RS04385] [protein=glycine reductase complex selenoprotein B] [transl_except=(pos:1048..1050,aa:Sec)] [protein_id=WP_084480926.1] [location=879743..881059] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_EAL2_RS05640_1078 [locus_tag=EAL2_RS05640] [protein=IS3 family transposase] [pseudo=true] [location=1130212..1131773] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_EAL2_RS15900_1086 [locus_tag=EAL2_RS15900] [protein=ABC transporter substrate-binding protein] [pseudo=true] [location=1139097..1140643] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_084480972.1_1127 [gene=selD] [locus_tag=EAL2_RS05895] [protein=selenide, water dikinase SelD] [transl_except=(pos:52..54,aa:Sec)] [protein_id=WP_084480972.1] [location=1177665..1178708] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_EAL2_RS06150_1177 [gene=rpsP] [locus_tag=EAL2_RS06150] [protein=30S ribosomal protein S16] [pseudo=true] [location=1228287..1228560] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_EAL2_RS06265_1201 [gene=ruvX] [locus_tag=EAL2_RS06265] [protein=Holliday junction resolvase RuvX] [pseudo=true] [location=1254037..1254458] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_EAL2_RS06620_1273 [locus_tag=EAL2_RS06620] [protein=1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase] [pseudo=true] [location=complement(1334323..1335488)] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_EAL2_RS07815_1516 [locus_tag=EAL2_RS07815] [protein=IS607 family transposase] [pseudo=true] [location=complement(1569211..1569837)] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_334292061.1_1565 [locus_tag=EAL2_RS16030] [protein=iron-sulfur cluster biosynthesis family protein] [transl_except=(pos:112..114,aa:Sec)] [protein_id=WP_334292061.1] [location=complement(1623988..1624290)] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_084481061.1_1637 [gene=grdA] [locus_tag=EAL2_RS08400] [protein=glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A] [transl_except=(pos:130..132,aa:Sec)] [protein_id=WP_084481061.1] [location=complement(1699569..1700045)] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_084481064.1_1640 [gene=grdB] [locus_tag=EAL2_RS08420] [protein=glycine reductase complex selenoprotein B] [transl_except=(pos:1048..1050,aa:Sec)] [protein_id=WP_084481064.1] [location=complement(1701711..1703027)] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_084481067.1_1641 [gene=grdA] [locus_tag=EAL2_RS08425] [protein=glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A] [transl_except=(pos:130..132,aa:Sec)] [protein_id=WP_084481067.1] [location=complement(1703044..1703520)] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_242842512.1_1753 [gene=saoL] [locus_tag=EAL2_RS08990] [protein=MerB-like organometallic lyase SaoL] [transl_except=(pos:517..519,aa:Sec)] [protein_id=WP_242842512.1] [location=complement(1830969..1831628)] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_278246853.1_1756 [gene=saoP] [locus_tag=EAL2_RS09010] [protein=ABC transporter permease subunit SaoP] [transl_except=(pos:634..636,aa:Sec)] [protein_id=WP_278246853.1] [location=complement(1832850..1833662)] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_EAL2_RS16035_1788 [locus_tag=EAL2_RS16035] [protein=RNA-guided endonuclease TnpB family protein] [pseudo=true] [location=complement(1873745..1874534)] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_084481119.1_1963 [gene=fdhF] [locus_tag=EAL2_RS15205] [protein=formate dehydrogenase subunit alpha] [transl_except=(pos:1045..1047,aa:Sec)] [protein_id=WP_084481119.1] [location=2059955..2062648] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_239591071.1_2053 [gene=saoB] [locus_tag=EAL2_RS10515] [protein=ABC transporter substrate-binding (seleno)protein SaoB] [transl_except=(pos:217..219,aa:Sec)] [protein_id=WP_239591071.1] [location=complement(2153241..2154038)] [gbkey=CDS] |
lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_242842469.1_2056 [gene=saoT] [locus_tag=EAL2_RS10535] [protein=thioredoxin-like (seleno)protein SaoT] [transl_except=(pos:40..42,aa:Sec)] [protein_id=WP_242842469.1] [location=complement(2155636..2155890)] [gbkey=CDS] |
Задание 3. Стоп-кодоны
Bacillus subtilis
TAG |
618 |
|
TAA |
2723 |
|
TGA |
983 |
|
GAC |
1 |
|
AAG |
2 |
|
CGA |
1 |
|
TTA |
1 |
|
ATT |
1 |
|
GGT |
1 |
|
GTA |
1 |
|
AGA |
1 |
|
ATA |
1 |
|
GGA |
1 |
|
GAG |
1 |
|
Peptoclostridium acidaminophilum
TAG |
761 |
|
TAA |
1090 |
|
TGA |
283 |
|
TAT |
1 |
|
ATG |
1 |
|
GGA |
1 |
|
TTC |
1 |
|
Ureaplasma urealyticum parvum
TAA |
528 |
|
TAG |
87 |
|
Задание 4. join
Bacillus subtilis
>lcl|NZ_LN680001.1_cds_WP_010886623.1_3723 [gene=prfB] [locus_tag=VV28_RS18250] [protein=peptide chain release factor 2] [exception=ribosomal slippage] [protein_id=WP_010886623.1] [location=complement(join(3645147..3646175,3646177..3646248))] [gbkey=CDS] |
Peptoclostridium acidaminophilum
>lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_148295968.1_561 [locus_tag=EAL2_RS03105] [protein=IS3 family transposase] [exception=ribosomal slippage] [protein_id=WP_148295968.1] [location=join(589839..590088,590088..590950)] [gbkey=CDS] |
>lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_148295968.1_690 [locus_tag=EAL2_RS03750] [protein=IS3 family transposase] [exception=ribosomal slippage] [protein_id=WP_148295968.1] [location=join(736848..737097,737097..737959)] [gbkey=CDS] |
>lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_096325256.1_1020 [locus_tag=EAL2_RS05360] [protein=IS3 family transposase] [exception=ribosomal slippage] [protein_id=WP_096325256.1] [location=complement(join(1093662..1094533,1094533..1094806))] [gbkey=CDS] |
>lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_096325256.1_1024 [locus_tag=EAL2_RS05385] [protein=IS3 family transposase] [exception=ribosomal slippage] [protein_id=WP_096325256.1] [location=complement(join(1097590..1098461,1098461..1098734))] [gbkey=CDS] |
>lcl|NZ_CP007452.1_cds_WP_096325248.1_1713 [gene=prfB] [locus_tag=EAL2_RS08785] [protein=peptide chain release factor 2] [exception=ribosomal slippage] [protein_id=WP_096325248.1] [location=complement(join(1783761..1784795,1784797..1784871))] [gbkey=CDS] |