№1
Esch
ATG 3890 ATT 4 CTG 2 GTG 338 TTC 1 TTG 80
Cand
ACA 1 ATG 1129 GTG 41 TCA 1 TCT 1 TTG 23
Myco
AAA 1 ACA 1 ACT 1 ATA 3 ATC 1 ATG 626 ATT 7 CAA 1 CAC 1 CTA 1 CTC 3 CTG 2 GAA 1 GTG 60 GTT 1 TCC 2 TCT 1 TGA 1 TTA 2 TTC 1 TTG 49
Примерно до 50% обнаруженных на сегодняшний день новых кодирующих последовательностей, называемых малыми открытыми рамками считывания, не инициируются каноническим кодоном AUG. Эти результаты свидетельствуют о том, что информация может быть более плотно закодирована в невирусных геномах, чем предполагалось ранее, и что предположения о размере, последовательности и моноцистронной природе эукариотических генов дают неполную картину.
У прокариот классическое исследование продемонстрировало, что кодоны UUG и GUG "класса I" могут инициировать трансляцию в E. coli с эффективностью AUG на 12-15% в пределах одной и той же репортерной конструкции; Стартовые кодоны “класса IIA” CUG, AUU, AUC, AUA и ACG давали выход белка на 1-3% по сравнению с AUG, а остальные протестированные кодоны (AGG, AAG) не давали обнаруживаемой трансляции. Самыми эффективными были кодоны с U на второй позиции.
Относительная эффективность использования AUG по сравнению с близкородственным стартовым кодоном в первую очередь контролируется бактериальным фактором инициации 3 (IF3)33.
Источник:Xiongwen Cao, Sarah A. Slavoff, Non-AUG start codons: Expanding and regulating the small and alternative ORFeome, Experimental Cell Research, Volume 391, Issue 1, 2020, 111973, ISSN 0014-4827, https://doi.org/10.1016/j.yexcr.2020.111973.)
№2
>lcl|U00096.3_cds_b4587_250 [gene=insN] [locus_tag=b4587] [db_xref=ASAP:ABE-0285253,ECOCYC:G6130] [protein=IS911A regulator fragment] [pseudo=true] [location=join(270278..270540,271764..272190)] [gbkey=CDS]
>lcl|U00096.3_cds_AAD13438.1_1459 [gene=fdnG] [locus_tag=b1474] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P24183] [protein=formate dehydrogenase N subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13438.1] [location=1547401..1550448] [gbkey=CDS]
>lcl|U00096.3_cds_AAD13456.1_3824 [gene=fdoG] [locus_tag=b3894] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P32176] [protein=formate dehydrogenase O subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13456.1] [location=complement(4082772..4085822)] [gbkey=CDS]
>lcl|U00096.3_cds_AAD13462.1_3997 [gene=fdhF] [locus_tag=b4079] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P07658] [protein=formate dehydrogenase H] [transl_except=(pos:418..420,aa:Sec)] [protein_id=AAD13462.1] [location=complement(4297219..4299366)] [gbkey=CDS]
У кишечной палочки «стоп» кодоны становятся «настоящими» кодонами, то есть начинают кодировать аминокислоту, которой не соответствует ни один существующий кодон, например, селеноцистеин.
Источник: Zinoni F, Heider J, Böck A. Features of the formate dehydrogenase mRNA necessary for decoding of the UGA codon as selenocysteine. Proc Natl Acad Sci U S A. 1990 Jun;87(12):4660-4. doi: 10.1073/pnas.87.12.4660. PMID: 2141170; PMCID: PMC54176.
№3
Esch
TGA 1246 TAA 2761 TAG 306
Cand.txt
TGA 1 TAA 1000 TAG 188
Myco.txt
TGA 0 TAA 526 TAG 220
TGA у двух бактерий кодирует определенные аминокислоты, поэтому он практически не используется в качестве стоп-кодона, поэтому наш код и не посчитал его в качестве стоп-кодона.
№4
Myco
CTT 1.067 CTC 1.211 CTG 0.948 CTA 1.084 TTA 3.949 TTG 2.137
Разность между реальной встречаемостью и ожидаемой
CTT 0.938 CTC 1.179 CTG 0.915 CTA 0.955 TTA 3.442 TTG 2.008
Cand
CTT 2.359 CTC 1.003 CTG 0.433 CTA 0.849 TTA 3.732 TTG 0.818
Разность между реальной встречаемостью и ожидаемой
CTT 2.252 CTC 0.984 CTG 0.415 CTA 0.741 TTA 3.112 TTG 0.711
Esch
CTT 1.098 CTC 1.114 CTG 5.314 CTA 0.388 TTA 1.379 TTG 1.364
Разность между реальной встречаемостью и ожидаемой:
CTT 0.955 CTC 1.064 CTG 5.264 CTA 0.245 TTA 0.973 TTG 1.221
Я не понимаю, почему ожидаемая встречаемость для всех оказалась меньше…
Но различия во встречаемости кодонов зависит от количества комплементарной ей тРНК (почему в одном организме разное количество кодонов) в данном организме (почему частоты у разных организмов разные). Также тРНК может связываться с неполностью комплементарными кодонами, но вероятность этого падает, однако в общем и целом чем больше вариантов кодонов, с которыми может связаться тРНК, тем больше эффективность трансляции.
№5
минимальное: -28,32750075 - ori
максимальное: 47,73262672 - ter