Практикум 14. Задание 1
Таблица старт-кодонов:
Старт кодон |
Bacillus subtilis |
Peptoclostridium acidaminophilum |
Ureplasma urealyticum parvum |
ATG |
3332 |
1676 |
561 |
TTG |
564 |
248 |
24 |
GTG |
395 |
185 |
22 |
AAG |
1 |
1 |
0 |
AAT |
2 |
1 |
0 |
ACA |
1 |
0 |
0 |
ACG |
1 |
0 |
0 |
AGA |
1 |
0 |
0 |
AGC |
1 |
0 |
0 |
AGG |
1 |
0 |
0 |
ATA |
0 |
9 |
2 |
ATC |
5 |
4 |
1 |
ATT |
13 |
8 |
2 |
CAA |
2 |
0 |
0 |
CGG |
1 |
0 |
0 |
CGT |
0 |
1 |
0 |
CTA |
2 |
1 |
0 |
CTG |
6 |
2 |
0 |
CTT |
0 |
0 |
1 |
GAA |
1 |
0 |
0 |
GAT |
2 |
0 |
0 |
GGT |
1 |
1 |
0 |
GTA |
1 |
0 |
0 |
TAC |
0 |
1 |
0 |
TAT |
1 |
0 |
1 |
TTA |
1 |
1 |
2 |
TTT |
2 |
0 |
0 |
У бактерий старт-кодон ATG встречается только в 60-70% случаях, кроме него в 10-15% встречается старт-кодон TTG, где-то в 10% случаев — GTG, и такая нестрогость в выборе старт-кодона объясняется несколькими факторами:
-У бактерий кроме обычных тРНК имеются особые инициирующие тРНК, несущие метионин и первыми присоединяющиеся своим антикодоном к старт кодону мРНК. Однако эти тРНК обладают меньшей специфичностью, чем обычные тРНК, поэтому при некоторых обстоятельствах присоединятся к кодону мРНК, даже если это не AUG. Это также означает что вне зависимости от того, какие был старт-кодон он всё равно будет кодировать метионин.
- У бактерий имеется особая последовательность Шайна-Дальгарно, находящаяся перед старт-кодоном мРНК, которую распознаёт рРНК и связывается с мРНК. При правильном связывании в начале трансляции на рибосоме окажется как раз старт-кодон. Последовательность может быть сильной и тогда старт-кодон может быть различным, последовательность может быть слабой и тогда старт-кодон может быть строго определённым.
- Кроме того, с некоторых CDS не происходит синтеза белков, такие CDS называются псевдогенами. В них может быть абсолютно любая нуклеотидная последовательность, а значит абсолютно любой старт-кодон, поэтому в CDS встречаются достаточно странные и редкие старт-кодоны:
Таблица старт-кодонов псевдогенов:
Старт кодон |
Bacillus subtilis |
Peptoclostridium acidaminophilum |
Ureplasma urealyticum parvum |
ATG |
20 |
10 |
6 |
TTG |
6 |
1 |
0 |
GTG |
6 |
0 |
1 |
AAG |
1 |
1 |
0 |
AAT |
2 |
1 |
0 |
ACA |
1 |
0 |
0 |
ACG |
1 |
0 |
0 |
AGA |
1 |
0 |
0 |
AGC |
1 |
0 |
0 |
AGG |
1 |
0 |
0 |
ATA |
0 |
1 |
0 |
ATC |
2 |
0 |
0 |
ATT |
2 |
0 |
0 |
CAA |
2 |
0 |
0 |
CGG |
1 |
0 |
0 |
CGT |
0 |
1 |
0 |
CTA |
2 |
1 |
0 |
CTG |
6 |
0 |
0 |
CTT |
0 |
0 |
1 |
GAA |
1 |
0 |
0 |
GAT |
2 |
0 |
0 |
GGT |
1 |
1 |
0 |
GTA |
1 |
0 |
0 |
TAC |
0 |
1 |
0 |
TAT |
1 |
0 |
1 |
TTA |
1 |
1 |
0 |
TTT |
2 |
0 |
0 |