Практикум 14. Задание 2

Название CDS с описанием, в которых встретился стоп-кодон НЕ в конце нуклеотидной последовательности + стоп-кодон, который встретился

В текстовом файле у нас всего 23 CDS, который можно разделить на два типа:

9 CDS 1-ого типа: CDS-pseudogene, которые не кодируют сейчас никакой белок и с которых они не синтезируются, а потому они могут иметь любую нуклеотидную последовательность, в том числе иметь стоп-кодон в середине CDS.

14 CDS 2-ого типа: CDS, содержащие в описании следующую надпись:

[transl_except=(pos:pos1..pos2,aa:Sec)]

— где transl_except означает исключение в генетическом коде, pos1 и pos2 - координаты начала и конца участка ДНК - триплета - с которого происходит считывание не в соответствие с генетическим кодом, а Sec - название аминокислоты, которую стал кодировать триплет.

Генетический код, как правило, универсален для всех живых организмов, однако в любом правиле есть исключения. В некоторых организмы кодоны начинают кодировать другие аминокислоты, или как в нашем случае стоп-кодон TGA стал кодировать новую аминокислоту - селеноцистеин. Поэтому мы и встречаем стоп-кодон в середине наших CDS, однако синтез белка на нём не останавливается, так как он перестаёт выполнять исходную функцию остановки трансляции и просто кодирует новую аминокислоту.