Практикум 14. Задание 3
Таблица частот стоп-кодонов:
Стоп-кодон |
Bacillus subtilis |
Peptoclostridium acidaminophilum |
Ureaplasma urealyticum parvum |
TAA |
2723 |
1090 |
529 |
TAG |
619 |
762 |
87 |
TGA |
983 |
283 |
0 |
AGA, ATA, ATT, CGA, GAC, GAG, GGT, GTA, TTA, |
1 |
0 |
|
ATG, TAT, TTC |
0 |
1 |
|
GGA |
1 |
1 |
|
AAG |
2 |
0 |
Среди стандартных стоп-кодонов TAA, TAG и TGA у Bacillus subtilis и у Peptoclostridium acidaminophilum имелись нестандартные, однако они находятся в псевдогенах, с которых не происходит трансляция:
CDS с нестандартными стоп-кодонами для Bacillus subtilis и для Peptoclostridium acidaminophilum.
В ДНК бактерии было найдено 1625 триплетов TGA НЕ в псевдогенах, в участках, с которых синтезируются белки, следовательно кодон TGA начинает кодировать какую-то аминокислоту (код Python и вывод без стоп-кодонов) Действительно у Ureaplasma urealyticum parvum же кодон TGA перестаёт выполнять функцию стоп-кодона и начинает кодировать аминокислоту триптофан.
Источник: Blanchard A. Ureaplasma urealyticum urease genes; use of a UGA tryptophan codon. Mol Microbiol. 1990