Ответы на вопросы Практикума 4

Задание 1

-Копирование файла в свою директорию на сервере kodomo я осуществил с помощью команды cp:

ol.leon@kodomo: cp /P/y20/term1/pr4/images/ol.leon /home/students/y20/ol.leon/term1/block1/pr4/Kuzmenko_image.jpeg

-На домашнем ПК был установлен FAR Manager. Подключившись через него к своей директории на kodomo, я открыл нужный файл и сохранил его на свой компьютер с помощью клавиши F5.

-На картинке изображена работа "Изображение аридного пейзажа пермского периода" чешского художника Зденека Буриана - известного анималиста, прославившегося своими рисунками на палеонтологическую тематику. На данной картине представлен Archegosaurus dechen или "Branchiosaurus" amblystomus

Задание 2

На данной фотокарточке вы можете заметить представителя вида Homo sapiens. Фото датировано началом XXI века, конкретно сентябрем 2020 года.

Задание 3

1)В папке /P/y20/term1/pr4/files 88 файлов. Для выполнения этой задачи я использовал знания, полученные из Практикума 3. При выводе отчета по команде ls -l мы получаем список файлов в папке, где каждая новая строка, соответствующая отдельному файлу, начинается с "-" . Теперь можно использовать знакомую нам команду grep -c и найти число строк, начинающихся с - (с помощью комбинации специальных символов символов '^-' ). В итоге, команда будет выглядеть так

ol.leon@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls -l | grep -c '^-'

и выведет нам она число строк из отчета по команде ls -l, начинающихся с -, что соответствует числу всех файлов в директории.

2)В папке /P/y20/term1/pr4/files 14 файлов, имеющих имя, заканчивающееся на .txt. Для решения этой задачи использовался похожий алгоритм, и итоговая команда выглядела так:

ol.leon@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls -l | grep -c '.txt$'

3)Объединение содержимого всех файлов формата .fasta я осуществил с помощью следующей команды:

ol.leon@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ cat *.fasta > /home/students/y20/ol.leon/term1/block1/credits/Kuzmenko_all.fasta

Задание 4

1)"Вытаскивание" названий последовательностей формата fasta я осуществил с помощью следующей команды (направил результат команды grep в нужный файл):

ol.leon@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ grep '^>' /home/students/y20/ol.leon/term1/block1/credits/Kuzmenko_all.fasta > /home/students/y20/ol.leon/term1/block1/credits/Kuzmenko_all.names

2) Для рассмотрения каждого из файлов по отдельности нам пригодится опция -r команды grep. Объединив её с -c мы сможем посчитать для каждого из файлов по отдельности.

ol.leon@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ grep -r -c '>' /P/y20/term1/pr4/files/*.fasta

Результаты для каждого из файлов:

/P/y20/term1/pr4/files/1.fasta:1

/P/y20/term1/pr4/files/Xax229_230.fasta:2

/P/y20/term1/pr4/files/pan1_mouse.fasta:1

/P/y20/term1/pr4/files/pan3_mouse.fasta:1

3*) Число атомов, принадлежащих гистидину, в молекуле белка 2B5A равно 80. Для ответа на этот вопрос использовалась команда:

ol.leon@kodomo:/P/y08/Term_5/Materials$ grep '^ATOM' 2B5A.pdb | grep -c HIS