Практикум 13
Задание 1
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
ATG 3883
ATT 4
CTG 2
GTG 334
TTC 1
TTG 78
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64
ACA 1
ATG 1129
GTG 41
TCA 1
TCT 1
TTG 23
Mycoplasma pneumoniae M29
ACC 2
ATA 2
ATC 3
ATG 634
ATT 4
CTG 4
GTG 62
GTT 1
TTA 2
TTG 40
Предположения, почему может использоваться не только ATG старт кодон:
1)Так как второй по частоте встречаемости GTG кодон, который похож на ATG, то вероятно он способен выполнять функции старт-кодона, за счет того, что остается частично комплементарным антикодону т-РНК.
2)Более редкие кодоны не так хорошо соответствуют комплементарности исходному антикодону, поэтому появляются реже. Возможно это связано с тем, что гены, которые они кодируют, тоже должны проявляться реже, и редкие старт-кодоны являются способом регуляции данной частоты.
Задание 2
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
lcl|U00096.3_cds_249 [gene=insN] [locus_tag=b4587] [db_xref=ASAP:ABE-0285253,ECOCYC:G6130] [protein=CP4-6 prophage; IS911A regulator fragment] [pseudo=true] [location=join(270278..270540,271764..272190)] [gbkey=CDS]
Является псевдогеном
lcl|U00096.3_cds_AAD13438.1_1457 [gene=fdnG] [locus_tag=b1474] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P24183] [protein=formate dehydrogenase N subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13438.1] [location=1547401..1550448] [gbkey=CDS]
Является геном формиат дегидратазы, которая содержит селеноцистеин, кодируемый особым стоп-кодоном при наличии специальной последовательности после него.
lcl|U00096.3_cds_AAD13456.1_3815 [gene=fdoG] [locus_tag=b3894] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P32176] [protein=formate dehydrogenase O subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13456.1] [location=complement(4082772..4085822)] [gbkey=CDS]
Является геном формиат дегидратазы, которая содержит селеноцистеин, кодируемый особым стоп-кодоном при наличии специальной последовательности после него.
lcl|U00096.3_cds_AAD13462.1_3987 [gene=fdhF] [locus_tag=b4079] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P07658] [protein=formate dehydrogenase H] [transl_except=(pos:418..420,aa:Sec)] [protein_id=AAD13462.1] [location=complement(4297219..4299366)] [gbkey=CDS]
Является геном формиат дегидратазы, которая содержит селеноцистеин, кодируемый стоп-кодоном TGA при наличии специальной последовательности после него.
Задание 3
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
TGA 1242
TAA 2756
TAG 303
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64
TGA 7
TAA 1000
TAG 188
Mycoplasma pneumoniae M29
TGA 11
TAA 532
TAG 210
Кодон TGA является не стоп-кодоном у данных бактерий, а кодирует аминокислоту глицин.
Christian M. K. Sieber, Blair G. Paul, Cindy J. Castelle, Ping Hu, Susannah G. Tringe, David L. Valentine, Gary L. Andersen, Jillian F. Banfield
Unusual Metabolism and Hypervariation in the Genome of a Gracilibacterium (BD1-5) from an Oil-Degrading Community, 2019 DOI
Задание 4
Кодоны лейцина: TTA, TTG, CTA ,CTC ,CTG , CTT
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
CTA 5201
CTC 14926
CTG 71198
CTT 14719
TTA 18484
TTG 18283
Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64
CTA 3357
CTC 3968
CTG 1714
CTT 9333
TTA 14767
TTG 3237
Mycoplasma pneumoniae M29
CTA 2848
CTC 3161
CTG 2473
CTT 2798
TTA 10302
TTG 5601
1)Различная частота использования синонимичных кодонов в пределах одной бактерии связана с различной экспрессией генов, осуществляемой за счет того, какое есть количество тРНК, связанное с данным кодоном.
2)Для разных бактерий различия в частоте использования синонимичных кодонов связаны с разными склонностями к мутациям данных кодонов у разных организмов и с разными экспрессиями генов.
Задание 5
Минимум сооответсвует началу реплекации, а максмум-терминации репликации.
3925744..3925975 согласно данным в genbank
Согласно графику:
3870000 начало репликации
1513000 конец репликации
График и таблица с результатом
Задание 6
AGGAGA 147
AAGGAG 165
TAAGGA 134
Наиболее часто встречаемые 6-меры, которые похожи на последовательность Шайна — Дальгарно, отвечают за место посадки риосомы перед старт-кодоном.