Характеристики PDB-файла; биологические единицы
Технические характеристики записи 1JBK банка PDB
Разрешение(Å) |
2.00 |
Число рефлексов |
13559 |
Полнота |
NULL |
R-фактор |
0.222 |
Свободный R-фактор и процент рефлексов, |
0.247, 1107 |
Кристаллографическая группа и тип симметрии (P, I, ...) |
P 21 21 21 |
Длины векторов a, b, c |
38.488 65.686 79.087 |
Ортогональны ли базисные периоды? |
Да |
Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой |
Да |
Совпадает ли (по данным записи PDB) биологическая единица |
Да |
Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1? |
Нет |
Вычисление относительных координат одного из Сα-атомов белка
- атом:
ATOM 253 CA ARG A 188 -3.495 35.406 41.245 1.00 13.85 C
x=-3.495
y=35.406
z=41.245
- матрица перехода и вектор:
SCALE1 0.025982 0.000000 0.000000 0.00000
SCALE2 0.000000 0.015224 0.000000 0.00000
SCALE3 0.000000 0.000000 0.012644 0.00000
- Относительные координаты:
X=-3.495*0.025982=-0.090807
Y=35.406*0.015224=0.539021
Z=41.245*0.012644=0.521502
Биологическая единица записи 1QQB банка PDB
С сервера PDBe был скачан файл с биологической единицей.
Было создано изображение асимметрической и биологической единиц.
- Асимметрическая единица.
- Биологическая единица.
Думаю, что, анализируя только асимметрическую единицу, невозможно получить информацию в данном случае о взаимодействии белка с молекулой ДНК.