Kodomo

Пользователь

Главная

Характеристики PDB-файла; биологические единицы

Технические характеристики записи 1JBK банка PDB

Разрешение(Å)

2.00

Число рефлексов

13559

Полнота

NULL

R-фактор

0.222

Свободный R-фактор и процент рефлексов,
использованных для его вычисления

0.247, 1107

Кристаллографическая группа и тип симметрии (P, I, ...)

P 21 21 21

Длины векторов a, b, c

38.488 65.686 79.087

Ортогональны ли базисные периоды?

Да

Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой

Да

Совпадает ли (по данным записи PDB) биологическая единица
с ассимметрической единицей, записанной в файле?

Да

Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1?

Нет

Вычисление относительных координат одного из Сα-атомов белка

ATOM 253 CA ARG A 188 -3.495 35.406 41.245 1.00 13.85 C

x=-3.495

y=35.406

z=41.245

SCALE1 0.025982 0.000000 0.000000 0.00000

SCALE2 0.000000 0.015224 0.000000 0.00000

SCALE3 0.000000 0.000000 0.012644 0.00000

X=-3.495*0.025982=-0.090807

Y=35.406*0.015224=0.539021

Z=41.245*0.012644=0.521502

Биологическая единица записи 1QQB банка PDB

С сервера PDBe был скачан файл с биологической единицей.

Было создано изображение асимметрической и биологической единиц.

Думаю, что, анализируя только асимметрическую единицу, невозможно получить информацию в данном случае о взаимодействии белка с молекулой ДНК.