Кристаллографическая симметрия
Описание записи 1MNM банка PDB
поле COMPND |
|
Молекула биополимера |
Значения букв |
ДНК (оператор STE6) |
E,F |
Белок (регулятор траскрипции MCM1, синоним: траскрипционный фактор феромонового рецептора) |
A,B |
Белок (репрессор траскрипции MAT ALPHA-2, синоним: белок, типа сопряжения, MAT ALPHA-2) |
C,D |
Изучение водородных связей цепи D в пределах асимметрической единицы
- Водородной связью будем считать расположение атомов двух полярных (азот или кислород) атомов из разных цепей на расстоянии менее 3,5 Å. Были получены изображения, показывающие:
- Цепь D в остовной (cartoon) модели
- Обе цепи ДНК в остовной модели
- Цепь белка, связанная с цепью D
цепь B
цепь D
- В проволочной модели – все (аминокислотные и нуклеотидные) остатки, связанные водородными связями с цепью D, и все остатки цепи D, связанные с другими цепями.
|
|
D |
|
E+F |
|
|
B |
|
|
"O" |
|
|
"N" |
- Взаимодействие цепи D с оcтальными цепями в пределах асимметрической единицы.
|
|
D |
|
A |
|
|
B+C |
Изучение связи цепи D с молекулами, находящимися в соседних симметрических образах асимметрической единицы
Было создано два изображения.
- На первом видна связь цепи D с ДНК, как содержащейся в той же ассиметрической единице, так и восстанавливаемой по симметрии кристалла.
(А - ассиметрическая единица, В - восстановленная) Цепь D контактирует почти точно на границе, при этом альфа спираль имеет связи с ДНК той же ассиметрической единицы, а с восстановленной контактирует бесструктурным элементом.
- На втором показана связь цепи D с белками из других образов ассиметрической единицы.
(A - цепь D, B - белки из других образов ассиметрической единицы(цепи A+B))