Главная

Программы DSSP и HBplus

Определение вторичной структуры молекулы белка, представленной в записи 1JBK, программой DSSP

Элементы вторичной структуры были вычислены при помощи программы DSSP. Результат ее работы и сравнение с тем, что представлено в записи PDB, приведены в таблице.

При сравнении выдачи DSSP с тем, что представлено в PDB, выяснилось, что в α-спиралях отличие было лишь в один а.о., а в β-тяжах прогноз, сделанный программой DSSP, точно совпал. Также, в α-спиралях программа DSSP не обнаружила участки 229 - 233 и 280 - 284, которые описаны в записи PDB.

Анализ колонки φ в выдаче DSSP

Представленная таблица показывает остатки, имеющие положительные значения угла φ.

На картинке, полученной при помощи PYmol, показан белок, раскрашенный в цвета, соответствующие вторичной структуре (красный - α-спирали, синий - β-тяжи, зеленый - остатки, имеющие положительный угол φ).

Определение водородных связей программой HBPlus в записи 1JBK

Водородные связи представлены в файле 1JBK.hb2, который был получен при помощи программы HBPlus. В программе PYMol были получены изображения следующих водородных связей:

• Участвующие в стабилизации вторичной структуры

  

• Между боковыми цепями аминокислотных остатков

  

• Между боковой цепью одного остатка и остовным атомом другого

  

• Участвующие в образование водяного мостика