Главная

Пространственное выравнивание и совмещение

Совмещение структур: цепь A из записи 1HY0 и цепь A из записи 1I0A

Были получены соответствующие записи. Далее была определена их доменная структура. Согласно CATH

• цепь А записи 1HY0 имеет 3 доменную организацию:
  • 27-123, 195-234
  • 124-194, 235-364, 437-463
  • 365-436
• цепь А записи 1I0A имеет 3 доменную организацию:
  • 27-123, 195-234
  • 124-194, 235-364, 437-463
  • 365-436

Далее мы строим пространственное наложение двух цепочек А структур 1HY0 и 1I0A при помощи команды align, для которой необходимо определить два множества, которыми будут служить определенные ранее домены.

Цвет: ruby - 1HY0, yellow - 1I0A.

• Выравнивание по первому домену (27-123, 195-234) RMSD = 0.371

• Выравнивание по второму домену (124-194, 235-364, 437-463) RMSD = 0.409

• Выравнивание по третьему домену (365-436) RMSD = 0.983

Как можно заметить из серии картинок, при последовательном совмещении доменов с низу вверх, можно заметить, что структура в пределах домена совмещение очень хорошее, но остальные домены в это время расположены с неким сдвигом. Это можно объяснить тем, что домены - это, в данном случае, подвижные структуры, которые при кристаллизации приняли немного разные конформации, что сказалось на совмещении.

программа PDBeFOLD

При помощи программы PDBeFOLD было построено структурное выравнивание цепи A из 1AKH и цепи A из 1W0T.

Выравнивание: 1akh_vs_1w0t.fasta

Подаем это выравнивание на вход программе Geometrical core, чтобы найти геометрическое ядро.

Ниже представлена таблица с аминокислотами, которые формируют геометрическое ядро.

• Совмещение в PYMOL командой pair_fit структуры по CA-атомам, входящим в геометрическое ядро.

• Совмещение в PYMOL командой align на полных цепях.

Из второй картинки видно, что выравнить цепи командой align не удалось. Тем не менее, первая картинка показывает, что это все же возможно, если использовать геометрическое ядро при совмещении.