Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены
Поверхность димера пуринового репрессора (PDB: 1QQB)
Были созданы изображения:
- поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера;
Более светлым оттенком синего показана поверхность атомов углерода.
- поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт;
Как можно видеть на изображении, поверхность димера точно подогнана под структуру молекулы ДНК.
- поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.
сервис PROTORP
Используя сервис PROTORP была найдена площадь контакта мономеров белка. В качестве гидрофобной части интерфейса взял долю площади, приходящейся на неполярные атомы, которые и способствуют гидрофобному взаимодействию.
Площадь контакта белковых мономеров составляет: 2521.34 Å^2, 44.58%.
сервис CluD
Пользуясь сервисом CluD, определил гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров белка(1QQB) объёмом не менее 10 атомов. Создал изображение, что в упр. 1а, на котором поверхность, относящаяся к атомам, входящим в найденные гидрофобные кластеры, выделена цветом.
Доменная структура
Используя сервис pDomains, определил доменную структуру своего белка: 1JBK и белка из первого задания: 1QQB.
- Для записи моего белка все методы обнаружили только один домен: 1-195.
- Для записи 1GLA цепочки G большинство методов обнаружило два домена: 4-253, 254-499.
(A-домен 1; B-домен 2;)
- Для белка из первого задания большинство методов нашло 3 домена, что согласуется с пространственным расположением. В структуре имеется альфа спираль(294-310, А), которая портит все предсказание. Я думаю, что метод dp лучше всего решил ситуацию. Он отнес ее к 3 домену, в то время как остальные относили ко 2. Просто, я думаю, не может, наверно, часть одного домена находиться в середине другого.
(A-домен 1; B-домен 2; C-домен 3)