slfn
Email: <selifonov2002 AT SPAMFREE gmail DOT com>
Я Игорь Селифонов. 
Моя страница ВК: https://vk.com/id230366696
Практикум 13:
https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Users/slfn/pr12
Страница с домашним заданием (практикум 7):
https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Users/slfn/pr7
Практикум 3:
https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Users/slfn/pr3
Про выбранный геном
Я выбрал архею Ignicoccus islandicus DSM 13165, так как всех остальных архей уже разобрали до меня. Я решил работать с геномом археи, потому что мне интересно посмотреть на особенности его строения.
Согласно сайту Microbewiki, археи рода Ignikcoccus — облигатно анаэробные гипертермофилы с хемолитоавтотрофным типом питания, обитающие в гидротермальных источниках. Они используют молекулярный водород в качестве донора электронов для электрон-транспортной цепи и серу в качестве конечного акцептора.(1) По данным ряда исследований, в их покровах присутствует дополнительная внешняя мембрана, сходная с аналогичой структурой грамотрицательных бактерий и впервые описанная у архей.(2)
Интересно также, что малатдегидрогеназа I. Islandicus может использовать в качестве субстрата молочную кислоту. Учитывая, что малатдегидрогеназа и лактатдегидрогеназа являются гомологами, возможно, данная архея обладает эволюционно древней версией этого фермента с двойной субстратной специфичностью.(3)
Ссылка на сайт:
https://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Ignicoccus
Статьи:
(1) Burggraf S., Huber H., Mayer T., Rachel R., Stetter K.O. and Wyschkony I. ” Ignicoccus gen. nov., a novel genus of hyperthermophilic, chemolithoautotrophic Archaea, represented by two new species, Ignicoccus islandicus sp. nov. and Ignicoccus pacificus sp. nov.” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2000, Volume 50.
(2) Huber H., Rachel R., Riehl S. and Wyschkony I. “The ultrastructure of Ignicoccus: Evidence for a novel outer membrane and for intracellular vesicle budding in an archaeon.” Archaea, 2002, Volume 1.
(3) Roche, J., Girard, E., Mas, C., Madern, D. “The archaeal LDH-like malate dehydrogenase from Ignicoccus islandicus displays dual substrate recognition, hidden allostery and a non-canonical tetrameric oligomeric organization.” Journal of Structural Biology, 2019, Volume 208 .
Про лекцию
В целом, всё было интересно и понятно, особенно часть про иммунотерапию рака. Только остался один вопрос по поводу примера с раком лёгких. Описанный метод лечения заключается в блокировке передачи сигнала от рецептора к эпителиальному фактору роста.Тогда, получается, препарат не должен иметь никакого долгосрочного эффекта. Получается, его всю жизнь принимать надо? Также не совсем понятно было, в каком виде принимается вещество, блокирующее рецептор/сигнальный белок. И разве такое лечение не будет предотвращать деление вообще всех (или хотя бы ещё каких-то) эпителиальных клеток помимо раковых? Возможно, конечно, там другие изоформы этих белков.
Непонятны были почти все слова "про CS" со слайда 5.