sofa-msd

hello world!

Практикум 1, задание 5

поиск координат интересующего гена в геноме SARS-CoV-2

Название гена: orf1ab/YP_009725295.1:orf1a polyprotein

Координата стартового кодона ATG: 266

Координата стоп-кодона TGA: 13483 последовательность действий:

1.) в первую очередь был обозначен примерный диапазон, в пределах которого расположен интересующий ген: [200:13500]

2.) поиск стартового кодона: сначала из списка всех встречающихся ATG в качестве стартового был выбран кодон, занимающий наименьшую координату 266.

3.) Координата стоп-кодона была определена последовательно путем проверки трех возможных вариантов: TAA, TAG, TGA. В конечном счете был выбран триплет TAA. Во-первых, он занимает наиболее удаленную позицию (13483) в указанном диапазоне, во-вторых, полученное количество нуклеотидов в пределах выбранных координат кратно трем, что подтверждает выбор.

Моя почта: <fbb2020all@gmail.com>