Задание 1
Алгоритм копирования файла на компьютер:
1) Через ssh захожу в директорию компьютера, где будет находиться скачанный файл ( в моем случае папка Downloads).
- ekaterinatyckova@MacBook-Air-Ekaterina ~ % cd Downloads
2)Далее пользуюсь Способом 1 в подсказках:
- Ввела команду sftp и при помощи этого расширения ssh вошла на kodomo, предварительно введя пароль в систему.
- ekaterinatyckova@MacBook-Air-Ekaterina Downloads % sftp tychkovakatya@kodomo.fbb.msu.ru
- Password:
- Connected to kodomo.fbb.msu.ru.
3)Захожу в директорию, где находится необходимый файл для скачивания.
- sftp> cd /home/students/y20/tychkovakatya/term1/block1/credits
4) Проверяю наличие файла в данной директории.
- sftp> ls
Tychkova-pr3-1.txt Tychkova_image.jpeg
5) выполняю команду копирования файла на свой компьютер
- sftp> get Tychkova_image.jpeg
- Fetching /home/students/y20/tychkovakatya/term1/block1/credits/Tychkova_image.jpeg to Tychkova_image.jpeg /home/students/y20/tychkovakatya/term1/bl 100% 66KB 1.6MB/s 00:00
6) По завершении выполнения выхожу из sftp.
- sftp> bye - ekaterinatyckova@MacBook-Air-Ekaterina Downloads %
На картинке были изображены мамонты!
Задание 3
1) Подсчет общего количества файлов в директории
- При помощи команды ls мы просматриваем список всех файлов в директории.
- Далее перенаправляем количество слов ( названий файлов) со stdout на stdin командой |
- и при помощи команды wc -w считаем их количество
- Ответ : 88
tychkovakatya@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls | wc -w 88
2) Подсчет количества файлов, заканчивающихся на .txt
- При помощи команды ls мы просматриваем список всех файлов в директории.
- Перенаправляем командой |
- Далее ищу файлы, заканчивающиеся на .txt при помощи grep \.txt$
- Перенаправляем (|) результат в команду wc -w
tychkovakatya@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls | grep \.txt$ |wc -w 14
- Ответ: 14
3) Cоздание объединенного файла.
- Из директории P/y20/term1/pr4/files выполнить команду cat *.fasta > , которая позволит скопировать все содержимое файлов оканчивающихся на .fasta, и в конце команды указать полный адрес файла
tychkovakatya@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ cat *.fasta > /home/students/y20/tychkovakatya/term1/block1/credits/Tychkova_all.fasta
Задание 4
1) Создание в директории credits файл Xxxx_all.names
- Из директории ~/term1/block1/credits выполнить команду grep '^>' Tychkova_all.fasta , которая вычленяет из файла Tychkova_all.fasta строки, начинающиеся с '>' ( защитили маской файла)
- Перенаправили его содержимое в новый файл при помощи команды > ( полный адрес)
/home/students/y20/tychkovakatya/term1/block1/credits/Tychkova_all.names
2)В директории /P/y20/term1/pr4/files выполним команду grep -c, выполняющую поиск числа строк, начинающихся с '^>' во всех файлах (команда *) с форматом .fasta
- tychkovakatya@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ grep -c '^>' *.fasta
1.fasta:1 Xax229_230.fasta:2 pan1_mouse.fasta:1 pan3_mouse.fasta:1
3) Дополнительное задание
- В директории /P/y08/Term_5/Materials командой wc * открываем список всех файлов и выбираем понравившийся. ( я выбрала 1KMY.pdb)
P/y08/Term_5/Materials$ wc *
- 11983 137654 970623 1DLP.pdb
- 3341 37643 270621 1GT0.pdb 2974 33048 240894 1KMY.pdb 4142 47255 335502 1MNM.pdb 3172 35877 256932 2B5A.pdb
- 231 39631 1817600 2b5a.omap
- 652 3572 150804 AA_residues.gif
- 3341 37643 270621 1GT0.pdb 2974 33048 240894 1KMY.pdb 4142 47255 335502 1MNM.pdb 3172 35877 256932 2B5A.pdb
- При помощи команды grep ^ATOM 1KMY.pdb выбираем строки, начинающиеся на АТОМ
- перенаправляем ( | ) на команду grep -c HIS, которая выбирает из предыдущего stdout строки содержащие HIS
- tychkovakatya@kodomo:/P/y08/Term_5/Materials$ grep ^ATOM 1KMY.pdb | grep -c HIS 100
- Ответ : 100