Практикум 6
Упражнения
Uniprot
1. Определите код РЕФЕРЕНСНОГО протеома бактерии Brucella abortus. Ответ: UP000002719
2. Найдите белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме B.abortus. Ответ: 14 находок; Запрос: "secretion system" AND organism:"Brucella abortus (strain 2308) [359391]" AND proteome:up000002719.
3. Найдите белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме B.abortus, кроме тех, которые помечены как не охарактеризованные (uncharacterized protein). Ответ: 16 находок
4. Найдите белки, связывающие атом железа, в референсном протеоме B.abortus . Ответ: 29 находок
PubMed
5. Найдите статью Блюменталя (Blumenthal) с названием "Транс-сплайсинг и опероны C.elegans".
- Запрос: Blumenthal[author] trans-splicing[title] AND "C. elegans"[title]; 6 находок; PMID 23175478
6. Получите список публикаций, в которых цитируется данная работа. Список публикаций
PDB
7. Получите список структур БАКТЕРИАЛЬНЫХ белков из систем секреции типа IV (type IV secretion system).
Text Search for: type iv secretion system and TAXONOMY is Bacteria (eubacteria); Таблица с информацией о структурах
Тема 1. Белки, содержащие селеноцистеин
Такие белки называются селенопротеинами (Selenoproteins)
Запрос в Uniprot: annotation:(type:non_std selenocysteine) AND reviewed:yes - 254 находки
Таблица аннотированных записей
Из 254 результатов 1 у вируса осповой группы, 16 у архей,52 у бактерий и 185 у эукариот (Только у животных, из них 167 у позвоночных).
Из 254 результатов 1 у вируса осповой группы, 16 у архей,52 у бактерий и 185 у эукариот (Только у животных, из них 167 у позвоночных).
Селеноцистеин в генах белка кодируется TGA-триплетом (UGA-РНК).
Запрос в PubMed: genetic[title] code[title] selenocysteine[title] - 6 результатов.
В PDB нашлось 7 структур по запросу: Advanced Search -> Current Criteria (MacroMoleculeCuery) -> Selenoprotein
Он интерпретировал это как:
Query Parameters:
Molecules : Selenoprotein M, Methionine-R-sulfoxide reductase B1, Selenoprotein W, Selenoprotein W-related protein, Selenoprotein S, SelT/selW/selH selenoprotein domain protein [P63300, Q4KGC5, Q8VHC3, Q9BQE4, Q9JLC3, Q9KTC1, Q9NZV6]
© Владислав Горбатенко