Практикум 4
Задание 1
последовательность РНК: GCCGAGGUAGCUCAGUUGGUAGAGCAUGCGACUGAAAAUCGCAGUGUCCGCGGUUCGAUUCCGCGCCUCGGCACCA
Участок структуры |
find_pair |
Предсказание с помощью einverted |
Предсказание по алгоритму Зукера |
Акцепторный стебель |
5'-1-7-3' |
Предсказано 7 из 7 |
Предсказано 8 пар |
5'-66-72-3' |
|||
7 пар |
|||
D-стебель |
5'-10-13-3' |
Предсказано 2 из 4 |
Предсказаны все |
5'-22-25-3' |
|||
4 пары |
|||
T-стебель |
5'-49-53-3' |
Предсказано 2 из 5 |
Предсказаны 4 из 5 |
5'-61-65-3' |
|||
5 пар |
|||
Антикодоновый стебель |
5'-27-31-3' |
Предсказано 5 из 5 |
Предсказаны все |
5'-39-43-3' |
|||
5 пар |
|||
Общее число канонических пар нуклеотидов |
21 |
17 |
21 |
Параметры для einverted: Gap penalty [12]: 0, Minimum score threshold [50]: 0, Match score [3]: 3, Mismatch score [-4]: -3.
Рис.1 Изображение второго предсказания.
Задание 2
Таблица. Контакты разного типа в комплексе 1hw2.pdb
Контакты атомов белка с |
Полярные |
Неполярные |
Всего |
остатками 2'-дезоксирибозы |
4 |
6 |
10 |
остатками фосфорной кислоты |
6 |
1 |
7 |
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки |
1 |
0 |
1 |
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки |
0 |
0 |
0 |
По полученным данным выходит, что в основном с белком взаимодействует сахарофосфатный остов (остатки 2'-дезоксирибозы и фосфорной кислоты), причем полярных контактов больше.
Упр.3
Упр.4
Arg49 имеет больше всего контактов(4) с ДНК. Он связан с фосфатом между седьмым и восьмым гуанинами. Он, видимо, и является самым важным.
Рис.2 Контакт аргинина с фосфатом