Практикум 7
Задание 1
Выбрал корову (Bos taurus). Для нее есть две сборки генома (я выбрал вторую):
Рис.1 Сборки
Проектов всего 5, а образец, как ни странно, один.
BioSample: SAMN02898106.
Описание: ДНК взята из пары животных - отца и дочери. ДНК самца из лаборатории Майкла Макнила, USDA-ARS, Miles City, Montana,а ДНК самки из лаборатории Тимоти Смита, US Meat Animal Research Center, Clay Center, Nebraska.
Проект: Междунородный консорциум по секвенированию геномов крупного рогатого скота во главе с Медицинским колледжем Бэйлора, первоначально секвенировал бычий геном используя стратегию WGS. Первоначальная сборка позже была заменена на более новые версии, включающие высокое качество конечных данных. Использовался PBJelly метод.
Последовательность одного из контигов
Таблица с длинами контигов - Таблица
Задание 2
Мой мох: Bucklandiella orthotrichacea. Картинку не нашел.
Запрос: Bucklandiella orthotrichacea [Organism] and complete genome
Поиск выдал 2 результата: GenBank и RefSeq
Рис.2 Находки
В геноме 66 генов, из них: 39 белковых, и 27 кодирующих РНК (3 - рибосомальную, 24 - транспортную).
Рис.3 Геном
Задание 3
Ключ |
Описание |
Пример |
CDS |
Кодирующая последовательность |
|
exon |
Участки генома, кодирующие участки сплайсированной РНК (экзоны) |
|
gap |
Разрывы в последовательности |
|
intron |
Участки ДНК, которые транскрибируются, но вырезаются посредством сплайсинга из РНК (интроны) |
|
LTR (repeat_region на NCBI) |
Длинный концевой повтор, повторяющийся на обоих концах последовательности. Встречается, например, у ретровирусов |
|
misc_binding |
Сайт нуклеиновой кислоты, которая ковалентно или нековалентно связана с другим фрагментом, который не может быть описан другим связывающим ключом (primer_bind или protein_bind) |
|
misc_feature |
Биологически интересная область, которая не может быть описана любым другим ключом |
|
misc_structure |
Некторорые вторичные или третичные структуры нуклеотидной последовательности, которые не могут быть описаны другими ключами |
|
modified_base |
Указанный нуклеотид является модифицированным нуклеотидом и должен быть заменен на указанную молекулу (mod_base) |
|
old_sequence |
Представленная последовательность заменяет предыдущую версию последовательности в данном месте |
|
Задание 4
Последовательность из шестого практикума.
Пять верхних находок относятся к одному роду (буду описывать три верхних находки):
Рис.4 Находки
Таксономия организмов: Eukaryota; Metazoa; Lophotrochozoa; Entoprocta; Loxosomatidae; Loxosomella. |
|||
Находка |
Organism |
Gene |
Identities |
1 |
Loxosomella murmanica |
18S ribosomal RNA gene |
654/667(98%) |
2 |
Loxosomella varians |
18S ribosomal RNA gene |
645/659(98%) |
3 |
Loxosomella sp. 1 JF-2010 |
18S ribosomal RNA gene |
635/676(94%) |
Выравнивание моей последовательности с тремя лучшими.
Вывод: Организм, носитель последовательности из 6 практикума относится к роду Loxosomella и является участком из гена, кодирующего 18S рибосомальную РНК. Сходство с лучшей находкой (тот же род): 98%; почти две замены на 100 нуклеотидов. Сходство с лучшей находкой того же семейства: 91%; 8,5 замен на 100 нуклеотидов.
Рис.5 Лучшая находка семейства Loxosomatidae