Нахождение гидрофобных кластеров

Задание 1

Структура - 1RDQ

1. Запуск Clud с дефолтными параметрами (Distance threshold: 5.4, Show clusters not smaller than: 3).

Рис 1. Гидрофобные кластеры (разными цветами)в структуре 1RDQ (белым цветом) с дефолтными параметрами.

Получился 1 огромный (798 атомов) кластер (красный) и 6 маленьких, каждый из которых соответствует одной (или двум) аминокислоте. При уменьшении порога дистанции до 5А и увеличении минимального размера до 15 атомов, остается только один огромный кластер, на 16 атомов меньше, чем в первом случае. Это может иметь биологический смысл, поскольку биологическая единица - мономер.

2. Distance threshold: 4.5, Show clusters not smaller than: 15

Рис 2.Гидрофобные кластеры в структуре 1RDQ с порогом расстояния 4.5А, и размером больше 15 атомов.

Выделилось 4 кластера, примерно соответствующие частям белка, обозначенным в статье с результатами расшифровки (см. прак.1): красный соответствует гидрофобному ядру, синий и зеленый соответствуют "малой доле" (между красным и сине-зеленым кластерами располагается активный центр), фиолетовый соответствует месту контакта белковой цепи с ингибиторным пептидом.

Задание 2

Был взят ДНК-белковый комплекс ДНК полимеразы бета - 2I9G

Distance threshold: 5.0, Show clusters not smaller than: 25

Рис 3. Гидрофобные кластеры в структуре 2I9G

Выделилось 5 кластеров: красный и синий соответствуют гидрофобным ядрам белковых цепей, зеленый - месту контакта белковых цепей и ДНК, фиолетовые (2 кластера) - гидрофобным кластерам цепей ДНК.