Программа MEME
1. Найдено 3 мотива.
2. Первые 2 мотива нашлись во всех белках, а третий только в MTG1 и RBGA, то есть в 2 белках не нашелся.
3.
Sequence name Start End P-value
------------- ----- ---------
Y1464_METJA 115 130 2.02e-18
NUG1_YEAST 285 300 2.56e-18
RBGA_MYCGE 121 136 3.78e-18
MTG1_MOUSE 147 162 6.21e-18
MTG1_SCHPO 150 165 4.11e-17
RBGA_BACSU 125 140 7.46e-17
Sequence name Start End P-value
------------- ----- ---------
MTG1_MOUSE 49 66 6.05e-21
RBGA_BACSU 25 42 1.29e-18
Y1464_METJA 25 42 6.40e-18
NUG1_YEAST 177 194 7.10e-18
MTG1_SCHPO 37 54 2.09e-17
RBGA_MYCGE 31 48 5.75e-17
Sequence name Start End P-value
------------- ----- ---------
MTG1_MOUSE 29 36 1.78e-12
RBGA_BACSU 5 12 1.78e-12
RBGA_MYCGE 11 18 7.70e-12
MTG1_SCHPO 17 24 8.96e-12
Muscle нашел те же мотивы, что и МЕМЕ
Мотивы, найденые программой МЕМЕ в последовательности домена PF01926
1.по одному белку с 1 и 3 мотивами, все остальные со вторым.
2.нигде не нашлись все мотивы, есть один белок где сразу 2 вторых мотива,
возможно вследствие дупликации, а есть белки, в которых ни одного мотива
3.некоторые выравнивания не соответствуют мотивам, например
>Q8TZA0_METKA/28-136
GKSTLVNALMGR....................EVTEVSE.VP.......G.TTKTV.SGY
RWTS........................................................
....REFPLYVFDTVGLADERGKRSKR.................................
GVRAEDVAEKLGRYDLALFV...............VDVTRH............VGPET..
...............LRALHVI............KY..................AAD...
..................LE..T...LLVAN.K
это связано возможно с тем, что выравнивание плохое, может E-value оч большой у
этого белка, ну или мотивы не самые популярные
© Garanina Irina