Задание 1 Аннотирование последовательности и сравнение её с аннотацией генов в записи GenBank.
Для аннотации была выбрана единственная кольцевая хромосома бактерии Denitrovibrio acetiphilus DSM 12809 Таксономия организма представлена на Рис.1.
Рисунок 1 Таксономия организма
AC в GenBank CP001968, в RefSeq NC_013943
Последовательность хромосомы в формате fasta
Также в Excel была отредактирована таблица сравнения аннотаций генов в RAST и GenBank
Рассмотрим ген белка Integral membrane sensor signal transduction histidine kinase/Signal transduction histidine kinase. На Рис. 2. видно, что старт-кодоны в аннотациях RAST и GenBank не совпадают.
Рисунок 2
Ген, аннотированный RAST, длинее. Зададим аминокислотную последовательность с этого гена на вход в blastp
Было найдено 16 последовательности, из которых только одну можно считать хорошей
Рисунок 3 Находки blastp
Рисунок 4 Выравнивание данной последовательности
Теперь проверим по blastp последовательность с гена, аннотированного GenBank
Blast находит все те же 16 последовательностей, однако теперь выравнивание выглядит по-другому - последовательности идентичны
Рисунок 5 Выравнивание
На мой взгляд, это позволяет предположить, что аннотация GenBank данного гена более "правильная".
Рассмотрим ген белка ABC transporter-like protein/Lipid A-export ATP-binding permease protein MsbA. На Рис. 6. видно, что старт-кодоны в аннотациях RAST и GenBank не совпадают.
Рисунок 6
Ген, аннотированный RAST, длинее. Зададим аминокислотную последовательность с этого гена на вход в blastp
Было найдено 34 последовательности, из которых только одну можно считать хорошей
Рисунок 7 Выравнивание данной последовательности
Теперь проверим по blastp последовательность с гена, аннотированного GenBank
Blast находит все те же 34 последовательности, однако теперь выравнивание выглядит по-другому - последовательности идентичны
Рисунок 8 Выравнивание
На мой взгляд, это позволяет предположить, что аннотация GenBank данного гена более "правильная".
Рассмотрим ген белка Endoribonuclease L_PSP На Рис. 9. видно, что старт-кодоны в аннотациях RAST и GenBank не совпадают.
Рисунок 9
Ген, аннотированный RAST, длинее. Зададим аминокислотную последовательность с этого гена на вход в blastp
Была найдена й последовательность, её можно считать хорошей
Рисунок 10 Находка blastp и выравнивание данной последовательности
Теперь проверим по blastp последовательность с гена, аннотированного GenBank
Blast находит эту же последовательность, однако теперь выравнивание выглядит по-другому - последовательности идентичны
Рисунок 11 Выдача blastp и выравнивание
На мой взгляд, это позволяет предположить, что аннотация GenBank данного гена более "правильная".
Ссылки
© Козлова Анастасия, 2015