Филогенетическое дерево

Задание 1

Для работы я выбрала следующие протеобактерии


Таблица 1 Выбранные мною протеобактерии

Скобочная формула дерева ((BRADU, AGRRK), ((BURCA, NEIMA), (PASMU, (SALTY, (YERPE, YERPS)))));


Рисунок 1 Дерево, построенное программой MEGA

Дерево содержит 5 нетривиальных ветвей

{YERPE, YERPS, SALTY, PASMU, AGRRK, BRADU} против {NEIMA, BURCA}

{YERPE, YERPS, SALTY, PASMU, NEIMA, BURCA} против {AGRRK, BRADU}

{YERPE, YERPS, SALTY, PASMU} против {NEIMA, BURCA, AGRRK, BRADU}

{YERPE, YERPS, SALTY} против {PASMU, NEIMA, BURCA, AGRRK, BRADU}

{YERPE, YERPS} против {SALTY, PASMU, NEIMA, BURCA, AGRRK, BRADU}

Реконструкция филогении

Данные получены с помощью таксономического сервиса NCBI


Таблица 2 Таксономия выбранных протеобактерий

Список нетривиальных ветвей, выделяющих некоторые таксоны:

{NEIMA, BURCA} - выделяет класс Betaproteobacteria

{AGRRK, BRADU} - выделяет порядок Rhizobiales класса Alphaproteobacteria

{YERPE, YERPS, SALTY, PASMU} - выделяет класс Gammaproteobacteria

{YERPE, YERPS, SALTY} выделяет семейство Enterobacteriaceae порядка Enterobacteriales

{YERPE, YERPS} выделяет представителей видовой группы Yersinia pseudotuberculosis complex рода Yersinia

Укоренение и бутстрэп

Рисунок 3 Филогенетическое дерево выбранных организмов, реконструированное по последовательностям белка пептидил-тРНК гидролазы методом "Neighbor Joining Using % Identity" в программе JalView.



Рисунок 4 Филогенетическое дерево выбранных организмов, реконструированное методом "Neighbor Joining Using % Identity" и укорененное в среднюю точку с помощью программы retree пакета PHYLIP.