Учебный сайт Алены Корягиной

Файл результатов РСА экспериментов

На сайте PDB для многих структур помимо модели белка также хранится файл с экспериментальными данными (файл структурных факторов). Для белка sonic hedgehog (PDB ID: 4с4m) был скачен такой файл (4c4m-sf.cif).Это текстовый файл в формате mmCIF. Для удобства дальнейшей работы этот файл был сохранен в формате Excel (скачать). В нем на первом листе находится общая информация (характеристика элементарной ячейки, некоторые детали экперимента, описание симметрий и др.), на втором листе — информация о структурных факторах:
- значения тройки чисел h, k, l (колонки h, k, l соответственно),
- среднее значение измерений структурного фактора (колонка F),
- среднее квадратичное отклонение от среднего (sigmaF),
- информация об использовании структурного фактора для оптимизации модели (status),
- F/sigmaF или сила сигнала (signal strength),
а на третьем листе этого файла производились необходимые расчеты.

Всего было получено 16 993 структурных факторов. Процент хороших структурных факторов, сила которых превышает 3, составляет 96,05%. Для оптимизации модели использовалось 16 132 структурных фактора (значение "о" в колонке status).

Всего было найдено 608 пропущенных троек h, k, l. Тройка считается пропущеной, если ее нет среди измеренных структурных факторов, но есть измеренный структурный фактор (h',k', l') с h'≥h, k'≥k, l'≥l. Например, некоторые из пропушенных троек: (0,1,2), (1,3,1), (3,13,37), (4,28,19), (9,27,16). Все значения пропущенных троек можно найти в последних столбцах на листе "for calculation" Excel файла.