Практикум 1

Задание

Из предложенного перечня организмов необходимо выбрать 7-8 для построения их филогенетического дерева. Далее, опираясь на общее для всех организмов из списка филогенетическое дерево (рис 1.), составить скобочную формулу дерева выбранных организмов. Из этой формулы с помощью программы MEGA получить изображение дерева и определить на нем нетривиальные ветви.

Результаты

1. Выбранные организмы

Всего было выбрано 8 организмов. Их мнемонические обозначения с расшифровками даны в Таблице 1.

2. Скобочная формула дерева и его изображение

Рис. 1. Исходное филогенетическое дерево

На Рис. 1 изображено филогенетическое дерево всех организмов из исходного списка. Отталкиваясь от него, для выбранных бактерий была составлена следующая скобочная формула:

(((((PASMU,ECOLI),VIBCH),PSEAE),BURCA),(BRADU,(AGRRK,RHIEC)));

Она была сохранена в файле с форматом .tre. Из этого файла программа MEGA создала дерево (Рис. 2), которое затем было сохранено в формате .png: IMAGE -> Save as PNG file.

Рис. 2. Филогенетическое дерево выбранных организмов

3. Поиск нетривиальных ветвей

Ветвь - связь между узлами или между узлом и листом; ребро графа. (http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_16/ppt/Trees_1.pptx, слайд 17)

Нетривиальная ветвь - отделяющая два или более листа (вида) от всех остальных; разбивающая множество всех видов на подмножества, в каждом из которых более одного элемента. (https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/2016/4/task1)

Для данного дерева получил следующие разбиения нетривиальных ветвей:

                           1) {PASMU, ECOLI} против {VIBCH, PSEAE, BURCA, BRADU, AGRRK, RHIEC}
                            2) {PASMU, ECOLI, VIBCH} против {PSEAE, BURCA, BRADU, AGRRK, RHIEC}
                            3) {PASMU, ECOLI, VIBCH, PSEAE} против {BURCA, BRADU, AGRRK, RHIEC}
                            4) {PASMU, ECOLI, VIBCH, PSEAE, BURCA} против {BRADU, AGRRK, RHIEC}
                            5) {PASMU, ECOLI, VIBCH, PSEAE, BURCA, BRADU} против {AGRRK, RHIEC}