Пракикум 7: Нуклеотидные банки данных

Orcinus orca

Косатки, пожалуй, одни из самых сложно организованных существ на планете. Их общество построено по строгому матриархальному принципу: стабильные семейные группы, «поды», на протяжении поколений передают уникальные охотничьи традиции. Поражает специализация: одни семьи виртуозно охотятся на тюленей, полностью перекроив свои социальные повадки, а другие оттачивают мастерство круглогодичной ловли рыбы, используя для координации целые комплексы звуков. Важно, что эти навыки — не врожденный инстинкт, а именно культурное наследие, сравнимое с человеческими языками или технологиями.

Особый феномен — их вокальные «диалекты». Каждая группа обладает уникальным набором звуков, которые детеныши перенимают именно от матери. Их социальность не ограничивается охотой: они демонстрируют заботу о старых и раненых сородичах, а взрослые самцы часто остаются в группе матери на всю жизнь. Исследователи полагают, что по сложности социальной структуры и способности к обучению косатки уступают только человеку, чему способствует и развитая лимбическая система их мозга, ответственная за эмоции.

И да, кОсатка, от испанского «asesina de ballenas» — убийца китов. Касатка — это птичка из семейства ласточковых. Не стоит путать, ибо позвологи сильно обижаются.

Сведения о сборке.

Нуклеотидные и белковые последовательности, а также файл аннотации были скачаны с официального FTP-архива NCBI Genomes:

• GCF_937001465.1_mOrcOrc1.1_genomic.fna — последовательности ДНК генома в формате FASTA
• GCF_937001465.1_mOrcOrc1.1_protein.faa — последовательности белков в формате FASTA
• GCF_937001465.1_mOrcOrc1.1_genomic.gbff — аннотированный геном

К сожалению, из-за ограничения квоты на сервере kodomo не удалось загрузить файлы genomic.fna и genomic.gbff, зато получилось выложить их на гугл-диск

Поисковые системы NCBI и ENA

В рамках исследования проведен сравнительный поиск информации о генах и мРНК белка альбумин в двух международных базах. Результаты по NCBI (сводные данные в Таблице 2) и ENA приведены ниже.

Результаты поиска в ENA:

• мРНК человека: 2 157 записей
• Геномная ДНК человека: 13 записей

Так как поиск в базе ENA по альбумину человека дал значительно меньше записей (2 157 для мРНК), чем общий поиск в NCBI (9 254 для мРНК), для корректного сравнения систем пришлось ориентироваться на данные, относящиеся только к человеку (Homo sapiens).

Исходя из сравнения итоговых цифр, можно сделать вывод, что системы в равной степени пригодны для поиска основных массивов данных: для мРНК человека результаты близки (NCBI: 2 652, ENA: 2 157), однако NCBI предоставляет более детализированную и структурированную информацию за счет разделения на GenBank и курируемый RefSeq, что делает его предпочтительным для комплексного анализа. ENA эффективна для быстрого получения конкретных архивных записей.