Рис. 1. Результат сравнения таблиц генов, полученных в RAST и GenBank.
Sugar transporter
С помощью blastp проверим белок-переносчик сахара, у которого не совпали старт-кодоны гена в аннотациях. (Рис.2.) В аннотации RAST два соседник переносчика сахара не пересекаются: заканчвается первый, и сразу начинается второй.
Рис.2. Фрагмент с белком-переносчиком сахара из таблицы сравнения аннотаций.
На рисунках 3 и 4 представлены результаты поиска последовательностей из GenBank(FASTA) и RAST(FASTA) с ограничением по таксону.
Рис.3. Выдача blastp для переносчика сахара у Thermus thermophilus HB8 из GenBank.
Рис.4. Выдача blastp для переносчика сахара у Thermus thermophilus HB8 из RAST.
В обоих случаях наиболее достоверная находка WP_011229245.1. В GenBank содержится вся последовательность из этой находки, поэтому она скорее всего ближе к реальному белку. Но домен, отвечающий за перенос сахара содержится в общем участке, т.е. он есть в обеих аннотациях этого белка.Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
У этого белка не совпал только старт-кодон. (По ссылке его нуклеотидная последовательность из RAST.) Длина в аннотациях различается только на 3 нуклеотида. (Рис.4.)
Рис.4. Фрагмент таблицы сравнения аннотаций.
В этот раз в RAST аннотация длиньше на GTG - второй по частоте встречаемости у прокариот старт-кодон. Blastp выдает для нее две находки, и выравниванивание для обеих начинается со второй аминокислоты, которая закодирована стандартным ATG.(Рис.5)
Рис.5. Выравнивание аминокислотной последовательности белка Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase из RAST c лучшей для него находкой в blastp.
